Лаборатория стабильности генома

На протяжении последних лет наши исследовательские интересы включают две основные области – клеточный ответ на повреждение ДНК (DDR – DNA damage response) и пространственную организацию генома (3D-геном). Исследования лаборатории направлены на характеристику путей и компонентов DDR, которые активируются в ответ на различные клеточные стрессы. В настоящее время нашей основной задачей является изучение новых путей DDR, действующих в ядрышке и предотвращающих нестабильность рибосомной ДНК. С точки зрения 3D-генома, нам интересно выяснить роль так называемых слабых биологических сил (в частности, феномена разделения фаз в жидкости) в установлении и поддержании пространственной организации генома эукариотической клетки. Отдельной задачей является поиск и характеристика новых эпигенетических препаратов, способных модулировать экспрессию генов, воздействуя на 3D-геном. В работе мы используем как традиционные методы молекулярной и клеточной биологии, так и передовые технологии, такие как микроскопия сверхвысокого разрешения (SIM, STORM, STED) и полногеномные исследования (Hi-C, ChIPseq, RNAseq и т. Д. ) и анализ данных.

2021 – Treacle and TOPBP1 control replication stress response in the nucleolus ⇒

Velichko AK, Ovsyannikova N, Petrova NV, Luzhin AV, Vorobjeva M, Gavrikov AS, Mishin AS, Kireev II, Razin SV, Kantidze OL.

J Cell Biology 220 (8), e202008085. doi: 10.1083/jcb.202008085

 

2021 – Suppression of liquid-liquid phase separation by 1,6-hexanediol partially compromises the 3D genome organization in living cells. ⇒

Ulianov S.V., Velichko A.K., Magnitov M.D., Luzhin A.V., Golov A.K., Ovsyannikova N., Kireev I.I., Gavrikov A.S., Mishin A.S., Garaev A.K., Tyakht A.V., Gavrilov A.A., Kantidze O.L.*, Razin S.V.*

Nucleic Acids Res. 2021 Apr 9. doi: 10.1093/nar/gkab249.

 

2021 – LASCA: loop and significant contact annotation pipeline. ⇒

Luzhin A.V., Golov A.K., Gavrilov A.A., Velichko A.K., Ulianov S.V., Razin S.V. Kantidze O.L.

Scientific Reports 11, 6361

 

2020 – The 3D genome as a target for anticancer therapy. ⇒

Kantidze O.L., Gurova K.V., Studitsky V.M., Razin S.V.

Trends in Molecular Medicine, 26 (2), 141-149

 

2020 – Weak interactions in higher-order chromatin organization. ⇒

Kantidze O.L., Razin S.V.

Nucleic Acids Res, 48 (9), 4314-4626

 

2019 – Hypoosmotic stress induces R loop formation in nucleoli and ATR/ATM-dependent silencing of nucleolar transcription. ⇒

Velichko A.K., Petrova Nad.V., Luzhin A.V., Ovsyannikova N., Strelkova O.S., Kireev I.I., Petrova Nat.V., Razin S.V., Kantidze O.L.

Nucleic Acids Res, 47 (13), 6811-6825

 

2019 – The anti-cancer drugs curaxins target spatial genome organization. ⇒

Kantidze O.L., Luzhin A.V., Nizovtseva E.V., Safina A., Valieva M.E., Golov A.K., Velichko A.K., Lyubitelev A.V., Feofanov A.V., Gurova K.V., Studitsky V.M., Razin S.V.

Nature Commun, 10 (1), 1441

 

2018 – Synthetically lethal interactions of ATM, ATR, and DNA-PKcs. ⇒

Kantidze O.L., Velichko A.K., Luzhin A.V., Petrova N.V., Razin S.V.

Trends in Cancer, 4 (11), 755-768

 

2016 – Small molecule compounds that induce cellular senescence. ⇒

Petrova N.V., Velichko A.K., Razin S.V., Kantidze O.L.

Aging Cell, 15 (6), 999-1017

 

2015 – Mechanism of heat stress-induced cellular senescence elucidates the exclusive vulnerability of early S-phase cells to mild genotoxic stress. ⇒

Velichko A.K., Petrova N.V., Razin S.V., Kantidze O.L.

Nucleic Acids Research, 43 (13), 6309-6320

 

All papers in 

Фонд	Название
РНФ	Механизмы поддержания стабильности 3D-генома и технологии его направленного изменения для решения фундаментальных и прикладных задач
РФФИ	Механизмы индуцируемой гипертермией сенсибилизации клеток к ингибиторам ферментов репарации ДНК