Лаборатория МОЛЕКУЛЯРНОЙ ГЕНЕТИКИ МИКРООРГАНИЗМОВ

Заведующий лаборатории - СЕВЕРИНОВ Константин Викторович, д.б.н., профессор, severik@waksman.rutgers.edu

Сотрудники и аспиранты лаборатории
молекулярной генетики микроорганизмов:

ДУБИЛЕЙ Светлана - ст. научный сотрудник, к.б.н.

СЕРЕБРЯКОВА Марина – научный сотрудник, к.х.н.

ГИЛЯРОВ Дмитрий – мл. научный сотрудник, к.б.н.

ШКУНДИНА Ирина – мл. научный сотрудник, к.б.н.

ЛОПАТИНА Анна – мл. научный сотрудник

НАГОРНЫХ Максим - младший научный сотрудник

КЛИМУК Евгений – мл. научный сотрудник

БАНТЫШ Ольга – мл. научный сотрудник

ЗУХЕР Инна – мл. научный сотрудник

ТИХОНОВ Антон – старший лаборант-исследователь

ЛАВЫШ Дарья - старший лаборант- исследователь

КУЛИКОВСКИЙ Алексей – аспирант

МЕТЕЛЕВ Михаил – аспирант

ПУГАЧ Ксения – аспирант

КУЛИКОВСКИЙ Алексей - аспирант

МУШАРОВА Ольга - аспирант

ПИСКУНОВА Юлия - аспирант

ЦИБУЛЬСКАЯ Дарья - аспирант

Тел. (8-499) 135-34-96 Факс: (8-499) 135-41-05
E-mail: severik@waksman.rutgers.edu

Созданная в 2007 году на базе лаборатории генетики вирусов, наша лаборатория является единственной лабораторией института, изучающей прокариот. Нам интересны самые разные аспекты метаболизма бактерий, в том числе, открывающие дорогу к новым биосинтетическим продуктам и антибактериальным препаратам.

Основное направление исследований:

  • бактериальных токсинов – микроцинов

  • молекулярных машин – ДНК-гиразы и РНК-полимеразы

  • системы иммунитета бактерий CRISPR

  • вирусов бактерий – бактериофагов.

Мы сотрудничаем с ведущими мировыми лабораториями, такими как лаборатория Энтони Максвелла в Великобритании и лаборатория Диксона в Сан-Диего.

Исследование ингибитора ДНК-гиразы микроцина B
и других оксазол-тиазол модифицированных микроцинов

Ингибиторы ДНК-топоизомераз представляют собой важный класс антибактериальных и противоопухолевых препаратов. Тем не менее, успешное применение этих препаратов осложняется проблемой возрастающей устойчивости бактерий к антибиотикам в первом случае и проблемой достижения избирательности действия ингибитора на опухоль – во втором. Одним из путей решения этих проблем является поиск новых структур среди бесконечного разнообразия порождаемых природой вариантов. Недавно охарактеризованная и постоянно расширяющаяся группа ТОММ – тиазол-оксазол модифицированных микроцинов включает в себя ингибитор ДНК-гиразы микроцин Б. Направленный биоинформатический поиск новых ТОММ-кодирующих оперонов в постоянно увеличивающимся количестве секвенированных бактериальных геномов потенциально может привести к появлению большого количества других аналогичных микроцину Б ингибиторов топоизомераз.

Тиазол-оксазол модифицированные микроцины представляют собой рибосомально синтезируемые пептиды, которые специальными ферментными комплексами модифицируются с образованием тиазоловых и оксазоловых гетероциклов из остатков аминокислот цистеина и серина. Лидерный пептид, который после модификации отрезается, отвечает за связывание промикроцина с ферментативным комплексом.

Пост-трансляционно модифицируемые пептиды представляют собой притягательный объект для «синтетической биологии». Знание о принципах организации и модификации предшественников ТОММ должно позволить получать новые синтетические вещества с заранее известной структурой генно-инженерными методами. Микроцин Б может служить модельным объектом для таких исследований.

Последовательности генов ТОММ из разных организмов:

В нашей лаборатории создана In vitro система синтеза ТОММ с использованием ферментативной системы микроцина B. Изучается субстратная специфичность и возможное использование синтетазы микроцина B для получения разнообразных ТОММ и искусственных биологически активных веществ. Изучается также действие микроцина B на клетки, связывание с мишенью - ДНК-гиразой.

Отрезание лидерного пептида от промикроцина B производится протеазами TldDE. Нами показано, что протеазы Tld разрезают только пептид, обладающий сформированными гетероциклами. Tld представляют собой загадочный класс протеаз, имеющийся у большинства микроорганизмов; тем не менее, их функция пока не установлена. Мы пытаемся установить структуру и субстратную специфичность протеаз Tld.

Исследование CRISPR/Cas системы бактериальной защиты от чужеродной ДНК

Системы CRISPR/Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) имеются у большинства бактерий и состоят из 1) CRISPR-кассет ДНК с идентичными палиндромными повторами длиной около 30 нуклеотидов и разделяющими их уникальными спейсерами похожей длины и 2) ассоциированных c CRISPR-кассетами сas генов. Точное совпадение последовательности хотя бы одного CRISPR спейсера с последовательностью протоспейсера - участка ДНК в геноме инфицирующего вируса - может приводить к устойчивости к заражению этим вирусом. Механизм возникновения устойчивости включает три этапа:

  1. этап адаптации, во время которого происходит встраивание спейсера в CRISPR-кассету,
  2. экспрессия сas-генов и CRISPR –кассеты, а также процессинг CRISPR-кассеты на короткие фрагменты, включающие один спейсер и фланкирующие участки повторов
  3. этап интерференции, во время которого происходит РНК-опосредованное уничтожение чужеродной ДНК.

Многие детали CRISPR/Cas системы бактериальной защиты от чужеродной ДНК остаются мало изученными.

В настоящее время в нашей лаборатории проводится исследование механизмов интерференции и адаптации у E.coli, а также изучение разнообразия и динамики изменений CRISPR кассет у E.coli, как современных, так и из палеоматериала.

Структурно-функциональный анализ взаимодействия ДНК-гиразы
Escherichia coli и белков, содержащих пентапептидные повторы

Бактериальная ДНК-гираза является топоизомеразой II типа с уникальной способностью к созданию отрицательной сверхспирализации ДНК и представляет собой гетеротетрамер из двух A (GyrA) и двух B (GyrB) субъединиц. Фермент пропускает один сегмент ДНК (T-сегмент) через временно образующийся двухцепочечный разрыв в другом (G-сегмент), таким образом, изменяя топологию ДНК. ДНК-гираза необходима для репликации, транскрипции и регуляции генов, что делает ее важной мишенью для природных и химически синтезированных антибиотиков. Фторхинолоны - класс высокоэффективных синтетических антибиотиков широкого спектра действия, они связываются с ДНК-гиразой, стабилизируя двухцепочечные разрывы, накопление которых приводит к гибели клетки. Природная устойчивость к фторхинолонам может определяться необычными белками, содержащими пентапептидные повторы (PRP-белки). Гены, кодирующие PRP-белки, обнаружены на плазмидах и в геномах многих бактерий. Интересно, что устойчивость к природным антибиотикам (микроцин B, альбицидин) также обеспечивается PRP-белками. Механизм протективного действия PRP-белков пока до конца не ясен.

Мы анализируем взаимодействие PRP-белков QnrB и McbG с ДНК-гиразой E.coli используя разнообразные генетические и биохимические методы: бактериальную дигибридную систему, направленный мутагенез, in vivo и in vitro фотоактивируемые сшивки, тесты на активность ДНК-гиразы в чистой системе in vitro. Наша цель – выявить структурную основу различной специфичности защитного действия PRP к различным антибиотикам-ингибиторам ДНК-гиразы. Определение детального механизма устойчивости связанного с PRP-белками может помочь в разработке новых антибиотиков, действующих на ДНК-гиразу и способных преодолевать защитное действие PRP-белков.

Изучение разнообразия микроорганизмов, живущих в экстремальных условиях

Снег – это важная климатическая и экологическая система, которая покрывает около 35% Земной поверхности. Частицы пыли, содержащие бактерии, вирусы, грибы, простейшие, пыльцу и фрагменты растений и насекомых, могут прилетать откуда угодно, они приносятся ветром и они оседают на поверхности снега.

Основная цель работы - оценить разнообразие бактерий поверхностного снега трех прибрежных областей восточной Антарктики. Наряду с описанием таксономического состава сообщества, была проведена работа по определению экологии детектированных бактерий и сделаны предположения об их возможном происхождении.

Все детектированные бактерии являлись представителями 7 классов: Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria (самый многочисленный по трем станциям), Deltaproteobacteria Gammaproteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria, и Verrucomicrobiae. Было показано, что во всех трех экосистемах присутствуют несколько одинаковых доминантных видов, другие бактерии встречались единично, что говорит о бедности микробных сообществ. Микробное разнообразие было наиболее высоким на станции Ленинградская (самая удаленная от открытой поверхности воды), и самым низким на станции Молодежная.

Большинство обнаруженных бактерий были найдены ранее в водных экосистемах, почвах и экосистемах, ассоциированных с человеком. Только 4,5-8,5% ближайших гомологов были ранее обнаружены в холодных местах обитания. Видимо, большинство бактерий, найденных в снежных экосистемах, были депонированы из атмосферы.

Изучение регуляции экспрессии генов бактерифагов

Различные литические бактериофаги в ходе своего развития используют сходную стратегию развития. После проникновения в клетку фаговые белки выключают экспрессию бактериальных генов и запускают программу развития фага, которая включает несколько стадий, включающих последовательную активацию и/или репрессию транскрипции временных классов генов фага. В этих переключениях задействовано множество различных фаговых факторов, модифицирующих РНК-полимеразу (РНКП) клетки-хозяина, и/или фаговые РНКП. Детальное изучение каскадов регуляции транскрипции в процессе инфекции индивидуальными бактериофагами позволит расширить наши представления как о механизмах временной регуляции экспрессии генов в целом и механизмах регуляции процесса транскрипции, так и о более общих процессах взаимодействия вирусов с клетками и белковых факторов, связывающихся с РНК-полимеразой клетки-хозяина.

В нашей лаборатории изучаются бактериофаги, инфицирующие различные штаммы E. coli, S. enterica, P. aeruginosa, K. pneumoniae, такие как Т5, phiEco32, фаги семейств Т7-подобных и N4-подобных и др. У этих бактериофагов нами выявлены различные фаговые факторы, модифицирующие РНК-полимеразу (РНКП) клетки-хозяина и, таким образом, приводящие к переключению экспрессии генов разных временных классов.

a) Полипептидный состав РНКП, аффинно очищенной из phiEco32-инфицированных клеток. По сравнению с РНКП из неинфицированных клеток (дорожка 2), РНКП из инфицированных фагом phiEco32 клеток E. coli 55 содержит дополнительные белки, которые являются транскрипционными факторами.

b) Влияние амбер-мутации в гене Т5.026 бактериофага Т5 на транскрипцию генов разных временных классов. По сравнению с фагом Т5 дикого типа, у фага Т5 с амбер-мутацией в гене Т5.026 можно наблюдать изменение уровня транскрипции на средней стадии развития фага Т5 (20мин со старта инфекции) с промоторов среднего класса Ppol и P15A. Ген Т5.026 кодирует транскрипционный фактор gp26.

Исследование пептидного антибиотика микроцина С

Микроцин С – это пептид-нуклеотидный антибиотик, который ингибирует синтез белка в чувствительных клетках. Клеточной мишенью МсС является аспартил-тРНК-синтетаза (AspRS). МсС проникает в клетки через АВС транспортер YejABEF. В цитоплазме пептидная часть антибиотика подвергается процессингу (отщеплению шести аминокислотных остатков) за счёт действия трёх аминопептидаз широкой специфичности PepA, PepB и PepN E. coli. В результате процессинга образуется активный ингибитор AspRS – модифицированный аспартил-аденилат (процессированный МсС). Гены, отвечающие за синтез антибиотика и устойчивость клетки-продуцента к синтезируемому МсС, образуют оперон mccABCDEF. В лаборатории изучаются механизмы синтеза антибиотика, а также механизмы устойчивости к этому соединению и транспортная система McC. Кроме того, активно изучаются разнообразные синтетические аналоги МсС и проводятся исследования по определению внутриклеточной локализации белков микроцинового оперона.

Процессированный МсС                                                       Микроцин С

Изучение гомологов микроцина С у прокариот

Опероны, гомологичные оперону микроцина С предсказаны в геномах многих бактерий. С помощью реконститутированной in vitro системы синтеза микроцина С, нам удалось экспериментально подтвердить функционирование нескольких из них. Изучение ферментов синтеза микроцина С из разных организмов в перспективе позволит создавать узконаправленные ингибиторы роста бактерий.

Публикации, опубликованные в 2007-2013 годах:

  1. Novikova, M., Metlitskaya, A., Datsenko, K., Kazakov, T., Kazakov, A., Wanner, B., and Severinov, K. (2007) The E. coli Yej ABC transporter is required for the uptake of translation inhibitor microcin C. J. Bacteriol., 189, 8361-8365.
  2. Stepanova, E., Lee, J., Ozerova, M., Semenova, E., Datsenko, K., Wanner, B., Severinov, K., and Borukhov, S. (2007) Analysis of promoter targets for E. coli transcription elongation factor GreA in vivo and in vitro. J. Bacteriol., 189, 8772-8785.
  3. Yuzenkova, Y., Zenkin, N., and Severinov, K. (2008) Mapping of RNA polymerase residues that interact with bacteriophage Xp10 transcription antitermination factor p7. J. Mol. Biol., 375, 29-35.
  4. Westblade, L., Minakhin, L., Kuznedelov, K., Tackett, A., Chang, E., Mooney, R., Vvedenskaya, I., Wang, Q., Fenyo, D., Rout, M., Landick, R., Chait, B., Severinov, K., and Darst, S. A. (2008) Rapid isolation and identification of bacteriophage T4-encoded modifications of Escherichia coli RNA polymerase: a generic method to study bacteriophage/host interactions. J. Proteome Res., 7, 1244-1250.
  5. Savalia, D., Westblade, L., Goel, M., Florens, L., Kemp, P., Akulenko, N., Pavlova, O., Washburn, M. P., Ackermann, H.-W., Mushegian, A., Gabisonia, T., Molineux, I., and Severinov, K. (2008) Genomic and proteomic analysis of phi32, a novel E. coli phage. J. Mol. Biol., 377, 774-789.
  6. Kazakov, T., Vondenhoff, G. H., Novikova, M., Datsenko, K., Wanner, B., and Severinov, K. (2008) E. coli peptidases A, B, or N can process translation inhibitor Microcin C. J. Bacteriol., 190, 2607-2610.
  7. Metlitskaya, A., Kazakov, T., Vondenhoff, G. H., Novikova, M., Semenova, E., Shashkov, A., Zaitseva, N., Ramensky, V., and Severinov, K. (2009) Maturation of translation inhibitor microcin C. J. Bacteriol., 191, 2380-2387.
  8. Bogdanova, E., Zakharova, M., Streeter, S., Taylor, J., Heyduk, T., Kneale, G., and Severinov, K. (2009) Transcription regulation of the Esp1396I restriction-modification system. Nucl. Acids Res., 37, 3354-3366.
  9. Semenova, E., Nagornykh, M., Pyatnitskiy, M., Artamonova, I., and Severinov, K. (2009) Analysis of CRISPR system function in plant pathogen Xanthomonas oryzae. FEMS Microbiol. Letts., 296, 110-116.
  10. Protsenko, A., Zakharova, M., Nagornykh, M., Solonin, A., and Severinov, K. (2009) Transcription regulation of restriction-modification system Ecl18kI. Nucl. Acids Res., 37, 5322-5330.
  11. Van de Vijver, P., Vondenhoff, G. H. M., Kazakov, T., Semenova, E., Kuznedelov, K., Metlitskaya, A., Van Aerschot, A., and Severinov, K. (2009) Synthetic Microcin C analogs targeting different aminoacyl-tRNA synthetases. J. Bacteriol., 191, 6273-6280.
  12. Cámara, B., Liu, M., Reynolds, J., Shadrin, A., Liu, B., Kwok, K., Simpson, P., Weinzierl, R., Severinov, K., Cota, E., Matthews, S., and Wigneshweraraj, S. R. (2010) T7 Phage protein Gp2 inhibits the Escherichia coli RNA polymerase by antagonizing stable DNA strand-separation near the transcription start site. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 107, 2247-2252.
  13. Novikova, M., Kazakov, T., Vondenhoff, G. H. Semenova, E., Datsenko, K., Metlytskaya, A., Rozenski, J., Zukher, I., Van Aerschot, A., and Severinov, K. (2010) The product of the mccE gene provides resistance to translation inhibitor Microcin C by acetylating processed Microcin C. J. Biol. Chem., 285, 12662-12669.
  14. Gilmore, J. M., Bieber Urbauer, R. J., Minakhin, L., Akoev, V., Zolkiewski, M., Severinov, K., and Urbauer, J. L. (2010) Determinants of affinity and activity of the anti-sigma factor AsiA. Biochemistry, 49, 6143-6154.
  15. 13Savalia, D., Nechaev, S., Robins, R., Molineux, I., and Severinov, К. (2010) On the role of host RNA polymerase inhibitor gp2 in phage T7 development. J. Mol. Biol., 402, 118-126.
  16. Pougach, K., Semenova, E., Bogdanova, E., Datsenko, K.A., Djordjevic, M., Wanner, B. L., and Severinov, K. (2010) Transcription, transcript processing and function of E. coli CRISPR locus. Mol. Microbiol., 77, 1367-1379.
  17. Enikeeva, F. N., Severinov, K., and Gelfand, M. S. (2010) Restriction-modification systems and bacteriophage invasion: who wins? J. Theor. Biol., 266, 550-559.
  18. Tikhonov A., Kazakov, T., Semenova, E, Vondenhoff, G. H., Van Aerschot, V., and Severinov, K. (2010) Molecular mechanism of microcin C resistance due to the function of the MccF peptidase. J. Biol. Chem., 285, 37944-37952.
  19. Berdygulova, Z., Westblade, L. F., Florens, L., Chait, B. T., Ramanculov, E., Washburn, M. P., Darst, S. A., Severinov, K., and Minakhin, L. (2011) Temporal regulation of gene expression of the Thermus thermophilus bacteriophage P23-45. J. Mol. Biol., 405, 125-142.
  20. Cámara, B., Sheppard, C., Shadrin, A., Akulenko, N., Liu, M., Severinov, K., Cota, E., Matthews, S., and Wigneshweraraj, S. R. (2011) Inhibition of Escherichia coli RNAp by T7 Gp2 protein: Role of negatively charged strip of amino acid residues in Gp2. J. Mol. Biol., 407, 623-632.
  21. Agarwal, V., Metlytskaya, A., Severinov, K., and Nair, S. K. (2011) Structural basis for Microcin C7 inactivation by the acetyltransferase domain of MccE. J. Biol. Chem., 286, 21295-21303.
  22. Semenova, E., Jore, M. M., Datsenko, K. A., Semenova, A., Westra, E. R., Wanner, B. L., van der Oost, J., Brouns, S. J. J., and Severinov, K. (2011) A crRNA seed sequence governs CRISPR interference. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108, 10098-10103.
  23. Mekler, V., Minakhin, L., and Severinov K. (2011) On the role of downstream RNA polymerase-promoter interactions in formation of transcription initiation complex. J. Biol. Chem., 286, 22600-22608.
  24. Vondenhoff, G. H. M., Blanchaert, B., Geboers, S., Kazakov, T. S., Severinov, K., and Van Aerschot, A. (2011) Synthesis and evaluation of Microcin C analogues containing various peptide chains. J. Bacteriol., 193, 3618-3623.
  25. Ghilarov, D., Serebryakova, M., Shkundina, I., and Severinov, K. (2011) A major portion of microcin B17 undergoes an N,O-peptidyl shift during synthesis. J. Biol. Chem., 286, 26308-26318.
  26. Vondenhoff, G. H. M., Dubiley, S., Severinov, K., Lescrinier E., Rozenski, J., and Van Aerschot, A. (2011) Extended targeting potential and improved synthesis of Microcin C analogues as antibacterials. Bioorg. & Med. Chem., 19, 5462-5467.
  27. Mekler, V., Minakhin, L., Sheppard, C., Wigneshweraraj, S., and Severinov, K. (2011) Molecular mechanism of transcription inhibition by phage T7 gp2 protein. J. Mol. Biol., 413, 1016-1027.
  28. Serebryakova M.V., Demina I.A., Galyamina M.A., Kondratov I.G., Ladygina V.G., Govorun V.M. The acylation state of surface lipoproteins of mollicute Acholeplasma laidlawii. // J. Biol. Chem. 2011, V. 286, P. 22769-22776.
  29. Pavlova, O., Lavysh, D., Klimuk, E., Djordjevic, M., Ravcheev, D. A., Gelfand, M. S., Severinov, K., and Akulenko, N. (2012) Temporal regulation of gene expression of the Escherichia coli bacteriophage phiEco32. J. Mol. Biol., 416, 389-399.
  30. Berdygulova, Z., Esyunina, D., Miropolskaya, N., Mukhamedyarov, D., Kuznedelov, K., Nickels, B., Severinov, K., Kulbachinskiy, A., and Minakhin, L. (2012) The gp39 protein of phage P23-45 is a transcription antiterminator that acts by suppressing pausing by Thermus thermophilus RNA polymerase. Nucl. Acids Res., in press.
  31. Agarwal, V., Tikhonov, A., Metlytskaya, A., Severinov, K., and Nair, S. (2012) Structure and function of a serine carboxypeptidase adapted for degradation of the protein synthesis inhibitor Microcin C7. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, in press.
  32. Westra, E.R., van Erp, P.B., Wong, S.P., Kunne, T., Staals, R., Seegers, C.L., Bollen, S., Jore, M.M., de Vos, W.M., Dame, R.T., de Vries, R., Semenova, E., Severinov, K., Brouns, S., van der Oost, J. (2012) CRISPR immunity relies on the conservative binding and degradation of negatively supercoiled invader DNA by Cascade and Cas3. Mol. Cell, in press.
  33. Shadrin A., Sheppard C., Savalia D., Severinov K., Wigneshweraraj S. (2013) Overexpression of Escherichia coli udk mimics the absence of T7 Gp2 function and thereby abrogates successful infection by T7 phage. Microbiology. 159: 269-274.
  34. Savitskaya E., Semenova E., Dedkov V., Metlitskaya A., Severinov K. (2013) High-throughput analysis of type I-E CRISPR/Cas spacer acquisition in E. coli. RNA Biol. 10: 716-725.
  35. Soutourina O.A., Monot M., Boudry P., Saujet L., Pichon C., Sismeiro O., Semenova E., Severinov K., Le Bouguenec C., Copp?e J.Y., Dupuy B., Martin-Verstraete I. (2013) Genome-Wide Identification of Regulatory RNAs in the Human Pathogen Clostridium difficile. PLoS Genet. 9: e1003493.
  36. Klimuk E., Akulenko N., Makarova K.S., Ceyssens P.-J., Volchenkov I., Lavigne R., Severinov K. (2013) Host RNA polymerase inhibitors encoded by ?KMV-like phages of pseudomonas. Virology. 436: 67-74.
  37. Westra E.R., Semenova E., Datsenko K.A., Jackson R.N., Wiedenheft B., Severinov K., Brouns S.J. (2013) Type I-E CRISPR-Cas Systems Discriminate Target from Non-Target DNA through Base Pairing-Independent PAM Recognition. PLoS Genet. 9: e1003742.
  38. Lopatina A., Krylenkov V., Severinov K. (2013) Activity and bacterial diversity of snow around Russian Antarctic stations. Res Microbiol. 164: 949-958.
  39. Loredo-Varela J., Chechik M., Levdikov V.M., Abd-El-Aziz A., Minakhin L., Severinov K., Smits C., Antson A.A. (2013) The putative small terminase from the thermophilic dsDNA bacteriophage G20C is a nine-subunit oligomer. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 69(Pt 8): 876-879.
  40. Metelev M., Serebryakova M., Ghilarov D., Zhao Y., Severinov K. (2013) Structure of Microcin B-Like Compounds Produced by Pseudomonas syringae and Species Specificity of Their Antibacterial Action. J Bacteriol. 195: 4129-4137.
  41. Mekler V., Severinov K. (2013) Cooperativity and interaction energy threshold effects in recognition of the -10 promoter element by bacterial RNA polymerase. Nucleic Acids Res. 41: 7276-7285.
  42. Chang H.W., Kulaeva O.I., Shaytan A.K., Kibanov M., Kuznedelov K., Severinov K.V., Kirpichnikov M.P., Clark D.J., Studitsky V.M. (2013) Analysis of the mechanism of nucleosome survival during transcription. Nucleic Acids Res. 2013 Nov 13. [Epub ahead of print]
  43. Vondenhoff G.H., Pugach K., Gadakh B., Carlier L., Rozenski J., Froeyen M., Severinov K., Van Aerschot A. (2013) N-Alkylated Aminoacyl sulfamoyladenosines as Potential Inhibitors of Aminoacylation Reactions and Microcin C Analogues Containing D-Amino Acids. PLoS One. 8: e79234.
  44. Zorov S., Yuzenkova Y., Nikiforov V., Severinov K., Zenkin N. (2013) Antibiotic streptolydigin requires non-catalytic Mg2+ for binding to RNA polymerase. Antimicrob Agents Chemother. 2013 Dec 16. [Epub ahead of print] PMID:24342645

2014:

  1. Chang H.W., Kulaeva O.I., Shaytan A.K., Kibanov M., Kuznedelov K., Severinov K.V., Kirpichnikov M.P., Clark D.J., Studitsky V.M. (2014) Analysis of the mechanism of nucleosome survival during transcription. Nucleic Acids Res. 42: 1619-1627.
  2. Shkundina I., Serebryakova M., Severinov K. (2014) The C-terminal part of microcin B is crucial for DNA gyrase inhibition and antibiotic uptake by sensitive cells. J Bacteriol. 196: 1759-1767.
  3. Bantysh O., Serebryakova M., Makarova K.S., Dubiley S., Datsenko K.A., Severinov K. (2014) Enzymatic synthesis of bioinformatically predicted microcin C-like compounds encoded by diverse bacteria. MBio. 5(3) pii: e01059-14.
  4. Kulikovsky A., Serebryakova M., Bantysh O., Metlitskaya A., Borukhov S., Severinov K., Dubiley S. (2014) The Molecular Mechanism of Aminopropylation of Peptide-Nucleotide Antibiotic Microcin C. J Am Chem Soc. 136: 11168-11175.
  5. Kazakov T., Kuznedelov K., Semenova E., Mukahmedjarov D., Datsenko K.A., Metlytskaya A., Vondenhoff G.H., Tikhonov A., Agarwal V., Nair S., Van Aerschot A., Severinov K. (2014) The RimL Transacetylase Provides Resistance to Translation Inhibitor Microcin C. J Bacteriol. 196: 3377-3385.
  6. Ceyssens P.J., Minakhin L., Van den Bossche A., Yakunina M., Klimuk E., Blasdel B., De Smet J., Noben J.P., Bl?si U., Severinov K., Lavigne R. (2014) Development of giant bacteriophage ФKZ is independent of the host transcription apparatus. J Virol. 88: 10501-10510.
  7. Severinov K., Minakhin L., Sekine S.I., Lopatina A., Yokoyama S. (2014) Molecular basis of RNA polymerase promoter specificity switch revealed through studies of Thermus bacteriophage transcription regulator. Bacteriophage. 4: e29399.
  8. Zukher I., Novikova M., Tikhonov A., Nesterchuk M.V., Osterman I.A., Djordjevic M., Sergiev P.V., Sharma C.M., Severinov K. (2014) Ribosome-controlled transcription termination is essential for the production of antibiotic microcin C. Nucleic Acids Res. 42: 11891-11902.
  9. Mekler V., Minakhin L., Borukhov S., Mustaev A., Severinov K. (2014) Coupling of downstream RNA polymerase-promoter interactions with formation of catalytically competent transcription initiation complex. J Mol Biol. pii: S0022-2836(14)00529-4.
  10. Koumarianou E., Slastnikova T.A., Pruszynski M., Rosenkranz A.A., Vaidyanathan G., Sobolev A.S., Zalutsky M.R. (2014) Radiolabeling and in vitro evaluation of 67Ga-NOTA-modular nanotransporter - A potential Auger electron emitting EGFR-targeted radiotherapeutic. Nucl Med Biol. 41: 441-449.
  11. Метелев М.В., Гиляров Д.А. (2014) Структура, функция и биосинтез тиазол-оксазол-модифицированных микроцинов. Молекулярная биология. 48: 36-54.

2015:

  1. Mekler V., Severinov K. (2015) Use of RNA polymerase molecular beacon assay to measure RNA polymerase interactions with model promoter fragments. Methods Mol Biol. 1276: 199-210.
  2. Pletzer D., Braun Y., Dubiley S., Lafon C., K?hler T., Page M.G., Mourez M., Severinov K., Weingart H. (2015) The Pseudomonas aeruginosa PA14 ABC transporter NppA1A2BCD is required for uptake. J Bacteriol. 197: 2217-2228.
  3. Mekler V., Severinov K. (2015) RNA polymerase molecular beacon as tool for studies of RNA polymerase-promoter interactions. Methods. 86: 19-26.
  4. Strotksaya A., Semenova E., Savitskaya E., Severinov K. (2015) Rapid Multiplex Creation of Escherichia coli Strains Capable of Interfering with Phage Infection Through CRISPR. Methods Mol Biol. 1311: 147-159.
  5. Semenova E., Kuznedelov K., Datsenko K.A., Boudry P.M., Savitskaya E.E., Medvedeva S., Beloglazova N., Logacheva M., Yakunin A.F., Severinov K. (2015) The Cas6e ribonuclease is not required for interference and adaptation by the E. coli type I-E CRISPR-Cas system. Nucleic Acids Res. 43: 6049-6061.
  6. Zenkin N., Severinov K., Yuzenkova Y. (2015) Bacteriophage Xp10 anti-termination factor p7 induces forward translocation by host RNA polymerase. Nucleic Acids Res. 43: 6299-6308.
  7. Kormosh N.G., Davidova T.V., Kopyltsov V.N., Serebryakova M.V., Kabieva A.O., Voyushin K.E., Sitdikova S.M., Amandzholov B.S., Kiselevskii M.V., Donenko F.V. (2015) Conformational changes in inter ? trypsin inhibitor heavy chain 4 activate its tumor specific activity in mice with B16 melanoma. Mol Med Rep. 12: 4483-4493.
  8. Bantysh O., Serebryakova M., Zukher I., Kulikovsky A., Tsibulskaya D., Dubiley S., Severinov K. (2015) Enzymatic synthesis and functional characterization of bioactive microcin C-like compounds with altered peptide sequence and length. J Bacteriol. 197: 3133-3141.
  9. Boudry P., Semenova E., Monot M., Datsenko K.A., Lopatina A., Sekulovic O., Ospina-Bedoya M., Fortier L.C., Severinov K., Dupuy B., Soutourina O. (2015) Function of the CRISPR-Cas System of the Human Pathogen Clostridium difficile. MBio. 6(5). pii: e01112-15.
  10. Vorontsova D., Datsenko K.A., Medvedeva S., Bondy-Denomy J., Savitskaya E.E., Pougach K., Logacheva M., Wiedenheft B., Davidson A.R., Severinov K., Semenova E. (2015) Foreign DNA acquisition by the I-F CRISPR-Cas system requires all components of the interference machinery. Nucleic Acids Res. 43: 10848-10860.
  11. Xue C., Seetharam A.S., Musharova O., Severinov K., Brouns S.J., Severin A.J., Sashital D.G. (2015) CRISPR interference and priming varies with individual spacer sequences. Nucleic Acids Res. 43: 10831-10847.

RU   EN

Поиск

на сайте

в Яндекс

Подписка на новости

Институт биологии гена РАН