Лаборатория СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ХРОМОСОМ

Заведующий лаборатории - Сергей Владимирович РАЗИН, чл.-корр. РАН, д.б.н., профессор, sergey.v.razin@usa.net

Сотрудники и аспиранты лаборатории структурно-функциональной организации хромосом:

Ольга В. ЯРОВАЯ – главный научный сотрудник, докт. биол. наук, профессор; iarovaia@inbox.ru

Елена С. ЮДИНКОВА - старший научный сотрудник, докт. биол. наук; ioudinkova@inbox.ru

Омар Л. КАНТИДЗЕ – старший научный сотрудник; omar.kantidze@genebiology.ru

Наталья В. ПЕТРОВА – научный сотрудник; petrovanv@mail.ru

Виктория В. БОРУНОВА – научный сотрудник ½ ставки; vborunova@mail.ru

Артем К. ВЕЛИЧКО – научный сотрудник 1/8 ставки; velichkoAK@gmail.com

Сергей В. УЛЬЯНОВ - научный сотрудник

Екатерина ГУЩАНСКАЯ – старший лаборант; laminaria@inbox.ru

Марина С. КАПЦОВА – инженер

Илья В. СКЛЯР - аспирант

Константин В. ДОЛГУШИН - аспирант

Аркадий К. ГОЛОВ - аспирант

Максим К. КУШТАНОВ - аспирант

Tel.: 7(499)135-30-92 Fax: 7(499)135-41-05
E-mail: sergey.v.razin@usa.net

Лаборатория структурно-функциональной-организации хромосом существует в ИБГ РАН с момента организации института. Тематически лаборатория продолжает работы группы С.В. Разина, которая до 1990 г функционировала в составе лаборатории биосинтеза нуклеиновых кислот (Институт молекулярной биологии АН СССР).

Проводимые лабораторией исследования имеют чисто фундаментальный характер. Основным направлениями работы лаборатории являются изучение работы регуляторных механизмов, контролирующих работу генома на уровне его пространственной организации в ядре эукариотической клетки. В рамках данного направления изучаются:

  • функциональная компартментализация эукариотического ядра;

  • доменная организация эукариотического генома;

  • роль различных хроматиновых структур в активации и репрессии транскрипции;

  • механизмы активации работы генов удаленными регуляторными элементами;

  • механизмы хромосомных перестроек и и пути репарации повреждений генома, вызванных различными генотоксическими стрессами.

В своей работе лаборатория тесно сотрудничает с группой пространственной организации генома, возглавляемой бывшим сотрудником лаборатории А.А. Гавриловым (ИБГ РАН), и с научной группой, возглавляемой С.В. Разиным в лаборатории молекулярной биологии (кафедра молекулярной биологии биологического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова), а также лабораторией « Signalisation, noyaux et innovations en cancérologie, UMR 8126» (Онкологический Институт им Г. Руси, Вильжуиф, Франция) в рамках «Laboratoire International Associé-LIA» и научного консорциума (GDRI) «Ранние этапы в развитии заболеваний человека».

ОСНОВНЫЕ ДОСТИЖЕНИЯ:

А. Пространственная организация генома и
структурно-функциональная компартментализация клеточного ядра

  1. Разработан оригинальный метод картирования участков прикрепления ДНК к ядерному матриксу, основанный на разрезании ДНК эндогенной топоизомеразой II, входящей в состав ядерного матрикса.
  2. Впервые в мире продемонстрировано, что петли ДНК, картируемые с использованием биохимического подхода (вырезания петель ДНК топоизомеразой II ядерного матрикса), соответствуют петлям ДНК, которые можно видеть под микроскопом (на препаратах экстрагированных 2М NaCl ядер) после гибридизации in situ со специфическими пробами. Таким образом, окончательно решен вопрос о специфичности организации хромосомной ДНК в петли, который оставался дискуссионным в течение 30 лет (Iarovaia et al, Nucl Acids Res 2004, 32, 2079-2086).
  3. Продемонстрировано, что ядерный матрикс играет ключевую роль в поддержании специфических радиальных позиций хромосомных территорий внутри клеточного ядра (Petrova et al., J. Cell. Biochem. 2005, 96, 850-857).
  4. Разработана новая экспериментальная процедура (M3C), позволяющая анализировать роль ядерного матрикса в организации активаторных хроматиновых блоков. С использованием этой процедуры продемонстрировано, что основу транскрипционных фабрик составляет комплекс закрепленных на ядерном матриксе промоторов генов домашнего хозяйства, ассоциированных с CpG островками. (Gavrilov et al., 2010, Nucl. Acids Res. 38, 8051-8060).
  5. Разработана принципиально новая экспериментальная процедура, позволяющая изучать пространственную организацию геномных локусах в индивидуальных хромосомах. С помощью этой процедуры впервые в мире продемонстрировано, что несколько регуляторных элементов могут быть организованы в единый активаторный комплекс.

В. Хромосомные перестройки

Впервые в мире получены прямые экспериментальные доказательства того, что горячие точки незаконной рекомбинации, приводящей х хромосомным перестройкам, располагаются на ядерном матриксе (Iarovaia et al., 2004, J. Cell. Sci. 117, 4583-4590). Продемонстрировано также, что ингибирование активности топоизомеразы II приводит к сборке на ядерном матриксе комплексов негомологичного соединения концов ДНК (Kantidze et al., 2006, J. Cell. Physiol. 207, 660-667; Kantidze OL, Razin SV, 2007, Gene 391, 76-79). Полученные результаты объяснены в рамках гипотезы, постулирующей , что эволюция генома может происходить посредством делеций, дупликаций и перемещений топологических петель ДНК (Kantidze OL, Razin SV (2009) Chromatin loops, illegitimate recombination, and genome evolution. Bioessays 31, 278-286.).

C. Доменная организация генома

Сформулированы представления о геномных доменах открытого типа, которые не имеют четких границ и могут содержать перекрывающиеся ткане-специфичные гены и гены домашнего хозяйства. Изучены основные принципы организации регуляторных систем в таких доменах. (Valadez-Graham et al., Nucl. Acids Res. 2004, 32, 1354-1362; Razin et al., J. Cell. Biochem. 2004, 92, 445-457; Borunova et al., FEBS Lett. 2005, 579, 4746-4750; Klochkov et al., 2006. Mol. Cell. Biol. 2006, 26, 1589-1597). В частности, продемонстрирована важная роль пространственной организации домена в контроле экспрессии расположенных в этом домене генов (Gavrilov A.A., Razin S.V., 2008, Nucleic Acids Res. 36, 4629–4640). Показано, что домены открытого типа могут расширяться, включая в свой состав дополнительные гены и регуляторные элементы. Gavrilov et al., 2010, Nucl. Acids Res. 38, 8051-8060.

D. Репликация эукариотической ДНК

Впервые в мире картирована позиция участка начала репликации в неамплифицированной области генома высших эукариот и построены карты организации в репликоны протяженных областей генома, в том числе гена дистрофина человека.

В НАСТОЯЩЕЕ ВРЕМЯ ЛАБОРАТОРИЯ ОСУЩЕСТВЛЯЕТ
РАЗРАБОТКУ СЛЕДУЮЩИХ НАУЧНЫХ ПРОЕКТОВ:

1. Доменная организация эукариотического генома.
О.В. Яровая, Е.С. Юдинкова

Работы направлены на раскрытие механизмов, контролирующих дифференциальную экспрессию тканеспецифичных генов в геномных доменах «открытого типа». В качестве модельных объектов используются домены альфа-глобиновых генов различных позвоночных животных. В числе прочих проблем изучаются пути инактивации глобиновых генов эмбрионального типа в клетках взрослого организма и причины сегрегации альфа- и бета-глобиновых генов в геномные домены принципиально различных классов. Один из подходов к решению данной проблемы состоит в характеристике объединенного домена альфа-бета глобиновых генов в геноме тропической рыбки «зебра».

2. Функциональная архитектура генома.
С.В. Разин, О.В. Яровая, Е. Гущанская совместно с группой «Пространственной организации генома»

Под функциональной архитектурой генома мы понимаем совокупность взаимодействий между различными регуляторными элементами, которые поддерживают определенную организацию интерфазных хромосом в трехмерном пространстве клеточного ядра. В настоящее время очевидно, что пространственная организация генома зависит от типа клеточной дифференцировки и играет важную роль в регуляции активности генов. Ключевым регуляторными событиями являются (1) взаимодействия между различными участками генома, обеспечивающие возможность взаимодействия промоторов с удаленными регуляторными элементами, и (2) позиционирование генов в определенных компартментах клеточного ядра. Есть прямые указания на то, что особенности крупномасштабной пространственной организации генома в индивидуальных хромосомах и в целом в клеточном ядре воспроизводятся в ряду поколений, в силу чего можно полагать, что на этом уровне работает особый эпигенетический механизм. Для изучения взаимодействий между удаленными регуляторными элементами в нашей лаборатории используется метод фиксации конформации хромосомы (3С) и одна из его полногеномных версий (4С). Также осуществляется разработка нового экспериментального подхода, который должен позволить изучать взаимодействия между удаленными регуляторными элементами генома в индивидуальных клетках. Отдельной задачей является идентификация белков, участвующих в поддержании устойчивых контактов между удаленными участками генома. В качестве модельных объектов используются домены альфа- и бета-глобиновых генов различных позвоночных животных. В рамках той же проблематики изучается вопрос о специфичности организации генов в транскрипционные фабрики. Другое направление работы состоит в изучении роли ядерного матрикса в поддержании функциональной архитектуры генома. В рамках данного направления была разработана новая экспериментальная процедура (М3С), с помощью которой можно анализировать вопрос о роли ядерного матрикса в поддержании контактов между различными удаленными геномными элементами.

3. Механизмы незаконной рекомбинации, индуцированной в клетках
в ответ на обработку ингибиторами ДНК-топоизомеразы II.

О.В. Яровая совместно с сотрудниками группы С.В. Разина в лаборатории
молекулярной биологии (кафедра молекулярной биологии МГУ им. М.В. Ломоносова

Изучается роль пространственной организации генома в обеспечении специфичности первичных рекомбинационных событий. Главными направлениями является анализ пространственной сближенности в ядре участков кластеризации точек разрыва ДНК, приводящих к реципрокным рекомбинациям, в том числе при так называемых вторичных лейкозах, возникающих в ответ на химиотерапию ингибиторами ДНК-топоизомеразы II. Одним из направлений работы является изучение вопроса о том, привлекаются ли участвующие в незаконной рекомбинации фрагменты ДНК к тем или иным ядерным компартментам, которые могут быть местами депонирования белков, прямо или косвенно участвующих в осуществлении незаконной рекомбинации.

4. Изучение роли эпигенетических механизмов в клеточном ответе на тепловой стресс.
О.Л. Кантидзе, А.К. Величко, Н.В. Петрова

Тепловой шок (гипертермия) является одним из наиболее изученных экзогенных факторов, действующих на организм или отдельные клетки. Хорошо известно, что основные эффекты теплового шока на клеточном уровне связаны с нарушением фолдинга и транспорта белков. Более того, детально изучен зависимый от гипертермии процесс активации белков семейства HIF (Heat-Induced Factors), которые, действуя в качестве транскрипционных факторов, активируют экспрессию белков теплового шока (HSPs). В свою очередь, HSPs, являясь молекулярными шаперонами, позволяют клетке справиться с накоплением белков с нарушенной вторичной структурой и вызванных ими негативных воздействий. Несмотря на вышесказанное очень мало известно о действии теплового шока на уровне ДНК и таких ДНК-ассоциированных процессов, как репарация и репликация, а также об участии эпигенетических механизмов в клеточном ответе стресс. Недавно нами было продемонстрировано, что в условиях теплового шока клеток происходит диссоциация белка гетерохроматина HP1 из центромерных областей хромосом. Данный процесс не связан с деградацией этого белка, а представляет собой его перераспределение между различными геномными локусами, что косвенно может указывать на роль HP1 в эпигенетическом контроле и масштабном транскрипционном сайленсинге генов при гипертермии (Velichko et al., 2011). Помимо продолжения изучения роли белка HP1 в клеточном ответе на стресс, нами также проводятся исследования эффектов гипертермии и других стресс-факторов на целостность ДНК, процессы репарации и репликации ДНК, а также роли эпигенетических механизмов в ответе на данные воздействия.

Публикации
Наиболее важные предыдущие публикации лаборатории:

  1. Razin SV, Petrov P, Hancock R. Precise localisation of the a-globin gene claster within one of the 20 to 300 kb DNA fragments released by cleavage of chicken chromosomal DNA at topoisomerase II sites in vivo: evidence that the fragments are DNA loops or domains. Proc. Natl. Acad.Sci. USA 1991, 88:8515-8519.
  2. Razin SV, Hancock R, Iarovaia OV, Westergaard O, Gromova II, Georgiev G.P. Structural-functional organization of chromosomal DNA domains. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1993, 58:25-35.
  3. Recillas Targa F, Razin SV, De Moura-Gallo CV, Scherrer K. Excision close to matrix attachment regions of the whole domain of the chicken a-globin genes by nuclease S1 and characterization of the framing structures. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91:4422-4426.
  4. Gromova II, Thomsen B, Razin SV. Different topoisomerase II antitumor drugs direct similar specific long-range fragmentation of an amplified c-myc gene locus in living cells and in high-salt extracted nuclei. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92:102-106.
  5. Lagarkova MA, Iarovaia OV, Razin SV. The large-scale fragmentation of mammalian DNA in the course of apoptosis proceeds via excision of chromosomal DNA loops and their oligomers. J. Biol. Chem. 1995, 270:20239-20241.
  6. Gromova II, Nielsen OF, and Razin SV. Long-range fragmentation of the eukaryotic genome by exogenous and endogenous nucleases proceeds in a specific fashion via preferential DNA cleavage at matrix attachment sites. J. Biol. Chem. 1995, 270:18685-18690.
  7. Razin SV, Gromova II. The channels model of nuclear matrix structure. BioEssays 1995, 17:443-450.
  8. Iarovaia OV, Hancock R, Lagarkova M, Miassod R, Razin SV. Mapping of genomic DNA loop organization in a 500-kilobase region of the Drosophila X chromosome by the topoisomerase II-mediated DNA loop excision protocol. Mol. Cell. Biol. 1996, 16:302-308.
  9. Razin SV 1997. The nuclear matrix and spatial organization of chromosomal DNA domains (monograph). R.G. Landes Company, Austin, Texas, USA.
  10. Verbovaia LV, Razin SV. Mapping of replication origins and termination sites in the Duchenne muscular dystrophy gene. Genomics 1997, 45:24-30.
  11. Razin SV. Chromosomal DNA loops may constitute basic units of eukaryotic genome organization and evolution. Crit. Rev. Eukaryot. Gene Expr. 1999, 9:279-283.
  12. Razin SV, Ioudinkova ES, Scherrer K. Extensive methylation of a part of the CpG island located 3.0-4.5 Kbp upstream to the chicken alpha-globin gene cluster may contribute to silencing the globin genes in non-erythroid cells. J. Mol. Biol. 2000, 209:845-852.

Статьи, опубликованные в 2003-2012 годах

2003:

  1. Разин СВ. Инициация репликации ДНК у высших эукариот. Генетика, 2003, 39:173-181.
  2. Юдинкова ЕС, Разин СВ. Регуляторные системы геномных доменов с размытыми границами Генетика, 2003, 39:182-186.
  3. Сьяксте Н, Яровая ОВ, Сьяксте Т, Разин СВ, Юдинкова ЕС. Перед кластером α-глобиновых генов кур расположен неэритроидспецифичный ген, начало которого колокализуется с участком начала репликации. Доклады АН, 2003, 388:272-274.
  4. Razin SV, Farrell CM, Recillas-Targa F. Genomic domains and regulatory elements operating at the domain level. Int. Rev. Cytol. 2003, 226:63-125.
  5. Razin SV. MARs and SARs. In “Nature Encyclop. Human Genome” (D Cooper, ed) Macmillan Publ. 2003
  6. Arcangeletti MC, De Conto F, Ferraglia F, Pinardi F, Gatti R, Orlandini G, Galderaro A, Motta F, Medici MC, Martinelli M, Valcavi P, Razin SV, Chezzi C, Dettori G. Cytomegalovirus proteins PP65 and IEP72 are targeted to distinct compartments in nuclei and nuclear matrices of infected human embryo fibroblasts. J. Cell Bioch. 2003, 90:1056-1067.
  7. Борунова В, Юдинкова ЕС, Разин СВ. Картирование границ эритроид-специфичной транскрипционной единицы в 5'-концевой области домена альфа-глобиновых генов кур. Доклады АН, 2003, 393:112-115.

2004:

  1. Valadez-Graham V, Razin SV, Recillas-Targa F. CTCF-dependent enhancer blockers at the upstream region of the chicken a-globin gene domain. Nucl. Acids Res. 2004, 32:1354-1362.
  2. Iarovaia OV, Bystritskiy A, Ravcheev D, Hancock R, Razin SV. Visualization of individual DNA loops and a map of loop-domains in the human dystrophin gene. Nucl. Acids Res. 2004, 32:2079-2086.
  3. Ioudinkova E, Verbovaya L, Kadulin S, Goldman I, Razin SV. A heterologous CpG island becomes extensively methylated in the genome of transgenic mice. J. Cell Bioch. 2004, 92:99-103.
  4. Bystritskiy AA, Razin SV. Breakpoint clusters: reaswon or consequence. . Crit. Rev. Eukar. Gene Expr. 2004, 14:65-77.
  5. Razin SV, Petrov A, Hair A, Vassetsky YS. Chromatin domains and territories: flexibly rigid. Crit. Rev. Eukar. Gene Expr. 2004, 14:79-88.
  6. Razin SV, Rynditch A, Borunova V, Ioudinkova ES, Smalko V, Scherrer K. The 33 kb transcript of the chicken a-globin gene domain is part of the nuclear matrix. J. Cell Bioch. 2004, 92:445-457.
  7. Iarovaia OV, Shkumatov P, Razin SV. Breakpoint cluster regions of the AML-1 and ETO genes contain MAR elements and preferentially associated with the nuclear matrix in proliferating HEL cells. J. Cell Sci. 2004, 117:4583-4590.
  8. Goldman IL, Razin SV, Kadulin SG, Vassetzky ES. Effect of DNA loop anchorage regions (LARs) and microinjection timing on expression of b-galactosidase gene injected into one-cell rabbit embryos. J. Cell. Biochem. 2004, 92:1171-1179.
  9. Goldman II, Kadulin SG, Razin SV. Transgenic animals in medicine: integration and expression of foreign genes, theoretical and applied aspects. Med. Sci. Monitor 2004, 10:274-285.
  10. Юдинкова ЕС, Кадулин СГ, Гольдман ИЛ, Разин СВ, Вербовая ЛВ. СpG-островок из домена альфа-глобиновых генов кур не содержит сигналов, достаточных для поддержания его неметилированного статуса в геноме трансгенных мышей. Доклады АН, 2004, 396, 143-145.
  11. Яровая ОВ, Быстрицкий АА, Разин СВ. Визуализация петель ДНК и участков прикрепления к ядерному матриксу гена дистрофина человека. Мол. биол., 2004, 38:1020-1023.

2005:

  1. Ioudinkova E, Razin SV, Borunova V, deConto F, Ryndich A, Scherrer K. The RNA-dependent nuclear matrix contains a 33 kb globin full domain transcript as well as prosomes but no 26S proteasomes. J. Cell.Biochem. 2005, 94:529-539.
  2. Ioudinkova E, Petrov A, Razin SV, Vassetzky ES. Mapping long-range chromatin organisation within the chicken alpha-globin gene domain using oligonucleotide DNA arrays. Genomics, 2005, 85:143-151.
  3. Уманская ОН, Быстрицкий АА, Разин СВ. Кластеризация точек разрыва при хромомомных перестройках: влияние клонально-селекционного механизма. Мол. Биол., 2005, 39:355-363.
  4. Iarovaia OV, Akopov SB, Nikolaev LG, Sverdlov ED, Razin SV. Induction of transcription within chromosomal DNA loops flanked by MAR elements causes an association of loop DNA with the nuclear matrix. Nucl. Acids Res. 2005, 33:4157-4163.
  5. Petrova NV, Iarovaia OV, Verbovoy VA, Razin SV. Specific radial positions of centromeres of human chromosomes X, 1, and 19 remain unchanged in chromatin-depleted nuclei of primary human fibroblasts: evidence for the organizing role of the nuclear matrix. J. Cell. Biochem. 2005, 96:850-857.
  6. Borunova VA, Iarovaia OV, Vassetzky YS, Razin SV. The upstream area of the chicken a-globin gene domain is transcribed in both directions in the same cells. FEBS Lett. 2005, 579:4746-4750.
  7. Разин СВ, Яровая ОВ. Пространственная организация ДНК в ядре может определять позиции горячих точек рекомбинации. Мол. биол., 2005, 39:633-638.
  8. Уманская ОН, Юдинкова ЕС, Разин СВ, Быстрицкий АА. Ингибирование ДНК-топоизомеразы II в живых клетках стимулирует процесс незаконной рекомбинации. Доклады АН, 2005, 405, 419-421.
  9. Юдинкова ЕС, Петров АВ, Васецкий ЕС, Разин СВ. Исследование пространственной организации домена a-глобиновых генов кур в клетках различного происхождения. Мол. Биол., 2005, 39, 971-977.

2006:

  1. Klochkov D, Rincón-Arano H, Ioudinkova ES, Valadez-Graham V, Gavrilov A, Recillas-Targa F, Razin SV. A CTCF-dependent silencer located in the differentially methylated area may regulate expression of a house-keeping gene overlapping a tissue-specific gene domain. Mol. Cell. Biol. 2006, 26:1589-1597.
  2. Kantidze OL, OIarovaia OV, Razin SV. Assembly of nuclear matrix - bound protein complexes involved in non-homologous end joining is induced by inhibition of DNA topoisomerase II. J. Cell. Physiol. 2006, 207:660-667.
  3. Umanskaya ON, Lebedeva SS, Gavrilov AA, Bystritskiy AA, Razin SV. Inhibition of DNA topoisomerase II may trigger illegitimate recombination in living cells: Experiments with a model system. J Cell Biochem. 2006, 99:598-608.
  4. Iarovaia OV, Borounova V, Vassetzky YS, Razin SV. An unusual extended DNA loop attachment region is located in the human dystrophin gene. J. Cell. Physiol. 2006, 209:515-521.
  5. Ioudinkova E, Arcangeletti MC, Rynditch A, De Conto F, Motta F, Covan S, Pinardi F, Razin SV, Chezzi C Control of human cytomegalovirus gene expression by differential histone modifications during lytic and latent infection of a monocytic cell line. Gene 2006, 384:120-128.
  6. Кантидзе ОЛ, Яровая ОВ, Клочков ДБ, Разин СВ. Незаконная рекомбинация как возможный механизм хромосомных перестроек, индуцированных ДНК-топоизомеразой II. Мол. Биол., 2006, 40, 878-885.
  7. Разин СВ. Пространственная организация эукариотического генома и работа эпигенетических механизмов. Генетика, 2006, 42, 1605-1614.

2007:

  1. Kantidze OL, Razin SV (2007) Chemotherapy-related secondary leukemias: a role for DNA repair by error-prone non-homologous end joining in topoisomerase II -induced chromosomal rearrangements. Gene 391, 76-79.
  2. Разин С.В., Юдинкова Е.С. (2007) Механизмы, контролирующие активацию домена a-глобиновых генов в эритроидных клетках кур. (Mechanisms controlling activation of the a-globin gene domain in chicken erythroid cells) Биохимия 72, 581-585.
  3. Разин С.В. (2007) Хроматин и регуляция транскрипции. Мол. Биол.41, 387-394.
  4. Razin SV, Iarovaia OV, Sjakste N, Sjakste T, Bagdoniene L, Rynditch AV, Eivazova ER, Lipinski M, Vassetzky YS. (2007) Chromatin Domains and Regulation of Transcription. J Mol Biol. 369, 597-607.
  5. Kantidze OL, Iarovaia OV, Philonenko ES, Yakutenko II, Razin SV. (2007) Unusual compartmentalization of CTCF and other transcription factors in the course of terminal erythroid differentiation. Biochim Biophys Acta- Mol Cell Res. 1773, 924-933.
  6. Petrova NV, Yakutenko II, Alexeevski AV, Verbovoy VA, Razin SV, Iarovaia OV. (2007) Changes in chromosome positioning may contribute to the development of diseases related to X-chromosome aneuploidy. J Cell Physiol. 213, 278-283.

2008:

  1. Rubtsov M.A., Terekhov SM, Razin SV, Iarovaia O.V. (2008) Repositioning of ETO gene in cells treated with VP-16, an inhibitor of DNA-Topoisomerase II. J. Cell. Biochem. 104, 692-699.
  2. Gavrilov AA, Razin SV (2008) Spatial configuration of the chicken alpha-globin gene domain: immature and active chromatin hubs. Nucleic Acids Res. 36, 4629-4640.
  3. Рубцов MA, Разин CВ, Яровая ОВ (2008) Ингибирование ДНК топоизомеразы II этопозидом приводит к предпочтительному связыванию ДНК топоизомеразы IIα, ДНК топоизомеразы IIb и нуклеолина с BCR 2 гена ETO. Доклады АН . 423, 405-407.
  4. Борунова ВВ, Разин СВ, Яровая ОВ (2008) В геноме кур кластер тканеспецифичных альфа-глобиновых генов окружен генами, экспресиирующимися как в эритроидных, так и в лимфоидных клетках. Доклады АН 421, 694-696.
  5. Гаврилов АА, Разин СВ (2008) Изучение пространственной организации домена α-глобиновых генов кур методом 3С. Биохимия 73, 1486-1494.

2009:

  1. Kantidze OL, Razin SV (2009) Chromatin loops, illegitimate recombination, and genome evolution. Bioessays 31, 278-286.
  2. Klochkov DB, Gavrilov AA, Vassetzky YS, Razin SV. (2009) Early replication timing of the chicken alpha-globin gene domain correlates with its open chromatin state in cells of different lineages. Genomics 93, 481-486.
  3. Eivazova ER, Gavrilov A, Pirozhkova I, Petrov A, Iarovaia OV, Razin SV, Lipinski M, Vassetzky YS. (2009) Interaction in vivo between the two matrix attachment regions flanking a single chromatin loop. J. Mol. Biol. 386, 929-937.
  4. Iarovaia OV, Borounova VV, Philonenko ES, Kantidze OL, Vassetzky YS, Razin SV. (2009) In embryonic chicken erythrocytes actively transcribed alpha globin genes are not associated with the nuclear matrix. J. Cell. Biochem. 106, 170-178.
  5. Gavrilov AA, Razin SV (2009) Formaldehyde fixation of cells does not greatly reduce the ability to amplify cellular DNA. Anal. Biochem. 390, 94-96.
  6. Kantidze OL, Kamalyukova IM, Razin SV. (2009) Association of the mammalian transcriptional regulator kaiso with centrosomes and the midbody. Cell Cycle 8, 2303-2304.
  7. Arcangeletti MC, Rodighiero I, De Conto F, Gatti R, Orlandini G, Ferraglia F, Motta F, Covan S, Razin SV, Dettori G, Chezzi C. (2009) Modulatory effect of rRNA synthesis and ppUL83 nucleolar compartmentalization on human cytomegalovirus gene expression in vitro. J. Cell. Biochem. 108, 415-442.
  8. Gursky Y, Bibilashvili R, Minashkin M, Krasnov A, Deikin A, Ermolkevich T, Popov A, Verbovaya L, Rutkevich N, Shevelev A, Georgieva S, Razin SV, Goldman I, Sadchikova E. (2009) Expression of full-length human pro-urokinase in mammary glands of transgenic mice. Transgenic Res.18, 747-756.
  9. Gavrilov A, Eivazova E, Priozhkova I, Lipinski M, Razin S, Vassetzky Y. (2009) Chromosome Conformation Capture (from 3C to 5C) and Its ChIP-Based Modification. Methods Mol Biol 567, 171-188.
  10. Philonenko ES, Klochkov DB, Borunova VV., Gavrilov AA, Razin SV, Iarovaia OV. (2009) TMEM8 – a non-globin gene entrapped in the globin web. Nucl. Acids Res. 37, 7394-7406.
  11. Филоненко Е.С., Гаврилов А.А., Разин С.В., Яровая О.В. (2009) В эритроидных клетках кур протяженный фрагмент хромосомы 14, включающий кластер альфа-глобиновых генов, организован в микропетли. Acta Naturae 1, 105-108.
  12. Vassetzky YS, Ioudinkova ES, Razin SV. MARs Wars: heterogeneity and clustering of DNA-binding domains in the nuclear matrix. 2009, Biopolymers and Cell, 25(6): 1-6.

2010:

  1. Gavrilov AA, Zukher IS, Philonenko ES, Razin SV, Iarovaia OV. (2010) Mapping of the nuclear matrix-bound chromatin hubs by a new M3C experimental procedure. Nucl. Acids Res. 38, 8051-8060.
  2. Филоненко Е.С., Гаврилов А.А.. Разин С.В., Яровая О.В. (2010) Расширение функционального домена альфа-глобиновых генов кур. Генетика 46, 1164-1167.
  3. Разин С.В., Гаврилов А.А., Яровая О.В. (2010) Транскрипционные фабрики и пространственная организация эукариотического генома. Биохимия 75, 1477-1488.
  4. Markova E.N., Kantidze O.L., Razin S.V. (2011) Transcriptional Regulation and Spatial Organisation of theHuman AML1/RUNX1 Gene. J. Cell. Biochem. 112, 1997–2005.
  5. Velichko AK, Kantidze OL, Razin SV. (2011) HP1α is not necessary for the structural maintenance of centromeric heterochromatin. Epigenetics. 6, 380-387.

2011:

  1. Arcangeletti MC, Rodighiero I, Mirandola P, De Conto F, Covan S, Germini D, Razin S, Dettori G, Chezzi C. (2011) Cell-cycle-dependent localization of human cytomegalovirus UL83 phosphoprotein in the nucleolus and modulation of viral gene expression in human embryo fibroblasts in vitro. J Cell Biochem. 112, 307-317.
  2. Velichko A.K., Lagarkova M.A., Philonenko E.S., Kiselev S.L., Kantidze O.L., Razin S.V. (2011) Sensitivity of human embryonic and induced pluripotent stem cells to a topoisomerase II poison etoposide. Cell Cycle 10, 2035-2037.
  3. Razin S.V., Gavrilov A.A., Pichugin A., Lipinski M., Iarovaia O.V., Vassetzky Y.S. (2011) Transcription factories in the context of the nuclear and genome organization. Nucl. Acids Res. 39, 9085-92.
  4. Ioudinkova E.S., Ulianov S.V., Bunina D., Iarovaia O.V., Gavrilov A.A., Razin S.V. (2011) The inactivation of the p gene in chicken erythroblasts of adult lineage is not mediated by packaging of the embryonic part of the alpha-globin gene domain into a repressive heterochromatin-like structure. Epigenetics 6, 1481-1488.
  5. Lorenzo P.I., Brendeford E.M., Gilfillan S., Gavrilov A.A., Leedsak M.,, Sergey V. Razin S.V., Eskeland, R. Sæther T., Gabrielsen O.S. (2011) Identification of c-Myb Target Genes in K562 Cells Reveals a Role for c-Myb as a Master Regulator. Genes & Cancer OnlineFirst, published on December 7, 2011 as doi:10.1177/1947601911428224.
  6. Юдинкова Е.С., Бунина Д.А., Ульянов С.В. Гаврилов А.А., Разин С.В. (2011) Профили распределения модифицированных форм гистонов в домена a-глобиновых генов кур. Мол. Биол. 45, 662-667.

2012:

  1. Маркова Е.Н., Разин С.В., Кантидзе О.Л. (2012) Участок интрона 5.2 гена RUNX1 человека, необходимый для образования активаторного блока транскрипции, не является MAR элементом и не обладает энхансерной активностью. Доклады АН. 442, 409-412.
  2. Разин С.В., Борунова В.В., Максименко О.Г., Кантидзе О.Л. (2012) Семейство белков, содержащих мотив цинковые пальцы Cys2His2-типа: классификация, функции, важнейшие представители. Биохимия 77, 277-288.
  3. Gavrilov A.A., Razin S.V., Iarovaia O.V. (2012) C-methods to study 3D organization of the eukaryotic genome. Biopolymers and Cell 28, 245-251.
  4. Ioudinkova E.S., Barat A., Pichugin A., Markova E., Sklyar I., Pirozhkova I., Robin C., Lipinski M., Ogryzko V., Vassetzky Y.S., Razin S.V. (2012) Distinct Distribution of Ectopically Expressed Histone Variants H2A.Bbd and MacroH2A in Open and Closed Chromatin Domains PLoS ONE 7 (10), e47157
  5. Velichko A.K., Petrova N.V., Kantidze O.L., Razin S.V. (2012) Dual effect of heat shock on DNA replication and genome integrity. Molecular Biology of the Cell 23, 3450-3460.
  6. Ulianov S.V., Markova E.N., Gavrilov A.A., Razin S.V. (2012) Insulators in vertebrates: regulatory mechanisms and chromatin structure. Biopolymers and Cell 28, 252-260.
  7. Ulyanov S.V., Gavrilov A.A., Razin S.V. (2012) Spatial organization of the chicken beta-globin gene domain in erythroid cells of embryonic and adult lineages. Epigenetics and Chromatin 5, 16.
  8. Markova E.N., Kantidze O.L., Razin S.V. (2012) Transcription of the AML1/ETO chimera is guided by the P2 promoter of the AML1 gene in the Kasumi-1 cell line. Gene 510, 142-146.
  9. Gushchanskaya E.S., Markova E.N., Razin S.V., Kantidze O.L. (2012) Unmethylated CpG islands are clustered inside the interphase human cell nuclei. Doklady Biochemistry and Biophysics 443, 123-126.
  10. Razin SV, Ulianov SV, Ioudinkova ES, Gushchanskaya ES, Gavrilov AA, Iarovaia OV. (2012) Domains of α- and β-Globin Genes in the Context of the Structural-Functional Organization of the Eukaryotic Genome. Biochemistry (Mosc). 77(13), 1409-1423.

2013:

  1. Gavrilov A.A., Gushchanskaya E.S., Strelkova O., Zhironkina O., Kireev I.I., Iarovaia O.V., Razin S.V. (2013) Disclosure of a structural milieu for the proximity ligation reveals the elusive nature of an active chromatin hub. Nucleic Acids Res. 41: 3563-3575.
  2. Gavrilov A.A., Golov A.K., Razin S.V. (2013) Actual ligation frequencies in the chromosome conformation capture procedure. PLoS One. 8: e60403.
  3. Razin S.V., Gavrilov A.A., Ioudinkova E.S., Iarovaia O.V. (2013) Communication of genome regulatory elements in a folded chromosome. FEBS Lett. 587: 1840-1847.
  4. Velichko A.K., Markova E.N., Petrova N.V., Razin S.V., Kantidze O.L. (2013) Mechanisms of heat shock response in mammals. Cell Mol Life Sci. 70: 4229-4241.
  5. Razin S.V., Vassetzky Y.S. (2013) Russian science: academy reform needs a reality check. Nature. 499(7458): 284.
  6. Glukhov S.I., Rubtsov M.A., Alexeyevsky D.A., Andrei V. Alexeevski A.V., Razin S.V., Iarovaia O.V. (2013) The Broken MLL Gene Is Frequently Located Outside the Inherent Chromosome Territory in Human Lymphoid Cells Treated with DNA Topoisomerase II Poison Etoposide. PLoS One. 8: e75871.
  7. Юдинкова Е.С., Петрова Н.В., Бунина Д.А., Вишнякова Х.С., Скляр И.В., Разин С.В., Яровая О.В. (2013) Структура хроматина объединенного локуса ?/?- глобиновых генов Danio rerio. Доклады Академии наук. 448: 726-728.
  8. Величко А.К., Разин С.В., Кантидзе О.Л. (2013) Индицированные температурой фокусы ?H2AX ассоциируются с ядерным матриксом только в S-фазных клетках. Доклады Академии наук. 450: 224-227.

2014:

  1. Gavrilov А.А., Chetverina H.V., Chermnykh E.S., RazinS.V., Chetverin A.B. (2014) Quantitative analysis of genomic element interactions by molecular colony technique. Nucleic Acids Res. 42, e36.
  2. Petrova NV, Velichko AK, Kantidze OL, Razin SV. (2014) Heat shock-induced dissociation of TRF2 from telomeres does not initiate a telomere-dependent DNA damage response. Cell Biol Int. 38, 675-681.
  3. Razin SV, Gavrilov AA. (2014) Chromatin without the 30-nm fiber: Constrained disorder instead of hierarchical folding. Epigenetics 9, 653-657.
  4. Allinne J, Pichugin A, Iarovaia O, Klibi M, Barat A, Zlotek-Zlotkiewicz E, Markozashvili D, Petrova N, Camara-Clayette V, Ioudinkova E, Wiels J, Razin SV, Ribrag V, Lipinski M, Vassetzky YS. (2014) Perinucleolar relocalization and nucleolin as crucial events in the transcriptional activation of key genes in mantle cell lymphoma. Blood 123, 2044-2053.
  5. Gushchanskaya ES, Artemov AV, Ulyanov SV, Logacheva MD, Penin AA, Kotova ES, Akopov SB, Nikolaev LG, Iarovaia OV, Sverdlov ED, Gavrilov AA, Razin SV (2014) The clustering of CpG islands may constitute an important determinant of the 3D organization of interphase chromosomes. Epigenetics 9, 951-963.
  6. Razin SV, Iarovaia OV, Vassetzky YS (2014) A requiem to the nuclear matrix: from a controversial concept to 3D organization of the nucleus. Chromosoma 123, 217-224.
  7. Гущанская ЕС, Гаврилов АА, Разин СВ (2014) Пространственная организация интферфазных хромосом и роль динамики хроматиновой фибриллы в позиционировании элементов генома. Мол. Биол. 48, 386-394. Translated version: Gushchanskaya ES, Gavrilov AA, Razin SV (2014) Spatial organization of interphase cromosomes and the role of chromatin fiber dynamycs in the positioning of genome elements. Mol Biol (Mosk) 48, 332-339.
  8. Разин С.В., Борунова В.В., Яровая О.В., Васецкий Е.С. (2014) Ядерный матрикс и структурно-функциональная компартментализация ядра эукариотической клетки. Биохимия 79, 770 - 781. Translated version: Razin SV, Borunova VV, Iarovaia OV, Vassetzky YS (2014) Nuclear matrix and structural and functional compartmentalization of the eukaryotic cell nucleus. Biochemistry (Mosc) 2014; 79, 608-618.
  9. Яровая О.В., Юдинкова Е.С., Петрова Н.В., Долгушин К.В., Ковина А.В., Нефедочкина А.В., Васецкий Е.С., Разин С.В. (2014) Эволюция ?- и ?-глобиновых генов и их регуляторных систем в свете гипотезы доменной организации генома. Биохимия 79, 1405 - 1416. Translated version: Iarovaia O.V., Ioudinkova E.S., Petrova N.V., Dolgushin K.V. Kovina A.V., Nefedochkina A.V., Vassetzky Y.S., Razin S.V. (2014) Evolution of ?- and ?-globin genes and their regulatory systems in light of the hypothesis of domain organization of the genome. Biochemistry (Moscow), 79, 1141 - 1150.
  10. Гущанская Е.С., Артемов А.А., Ульянов С.В., Пенин А.А., Логачева М.Д., Разин С.В., Гаврилов А.А. (2014) Пространственная организация генов домашнего хозяйства в интерфазных ядрах. Мол. Биол. 48, 1008-1018. Translated version: Gushchanskaya E.S., Artemov A.V., Ulyanov S.V., Penin A.A., Logacheva M.D., Razin S.V., Gavrilov A.A. (2014) Mol Biol (Mosk) 48, 886-895.
  11. Ioudinkova E.S., Gavrilov A.A., Razin S.V. (2014) Folded genome as a platform for the functional compartmentalization of the eukaryotic cell nucleus. Biopolymers and Cell 30, 83-89.
  12. Iarovaia O.V., Rubtsov ., Ioudinkova E., Tsfasman T., Razin S.V., Vassetzky Y.S. (2014) Dynamics of double strand breaks and chromosomal translocations. Mol. Cancer 13, 249.

2015:

  1. Ulianov S.V., Gavrilov A.A., Razin S.V. (2015) Nuclear compartments, genome folding, and enhancer-promoter communication. Int Rev Cell Mol Biol. 315: 183-244.
  2. Gavrilov A., Razin S.V., Cavalli G. (2015) In vivo formaldehyde cross-linking: it is time for black box analysis. Brief Funct Genomics. 14: 163-165.
  3. Velichko A.K., Petrova N.V., Razin S.V., Kantidze O.L. (2015) Mechanism of heat stress-induced cellular senescence elucidates the exclusive vulnerability of early S-phase cells to mild genotoxic stress. Nucleic Acids Res. 43: 6309-6320.
  4. Khrameeva E.E., Ulyanov S.V., Gavrilov A.A., Shevelyov Y.Y., Gelfand M.S., Razin S.V. (2015) 20 Active chromatin regions are sufficient to define borders of topologically associated domains in D. melanogaster interphase chromosomes. J Biomol Struct Dyn. 33 (sup1): 11-12.
  5. Golov A.K., Gavrilov A.A., Razin S.V. (2015) The Role of Crowding Forces in Juxtaposing ?-Globin Gene Domain Remote Regulatory Elements in Mouse Erythroid Cells. PLoS One. 10: e0139855.
  6. Petrova Nad.V., Velichko A.K., Petrova Nat.V., Razin S.V., Kantidze O.L. (2015) Stress factor - dependent differences in molecular mechanisms of premature cell senescence. Biopolymers and Cell. 31: 323-337.
  7. De Conto F., Chezzi C., Fazzi A., Razin S.V., Arcangeletti M.C., Medici M.C., Gatti R., Calderaro A. (2015) Proteasomes Raise the Microtubule Dynamics in Influenza A (H1N1) Virus-Infected LLC-Mk2 Cells. Cell Mol Biol Lett. 2015 Nov 26. pii: /j/cmble.ahead-of-print/cmble-2015-0052/cmble-2015-0052.xml. doi: 10.1515/cmble-2015-0052. [Epub ahead of print]
  8. Petrova N.V., Velichko A.K., Razin S.V., Kantidze O.L. (2016) Early S-phase cell hypersensitivity to heat stress. Cell Cycle. 15: 337-344.
  9. Ulianov S.V., Khrameeva E.E., Gavrilov A.A., Flyamer I.M., Kos P., Mikhaleva E.A., Penin A.A., Logacheva M.D., Imakaev M.V., Chertovich A., Gelfand M.S., Shevelyov Y.Y., Razin S.V. (2016) Active chromatin and transcription play a key role in chromosome partitioning into topologically associating domains. Genome Res. 26: 70-84.
  10. Nefedochkina A.V., Petrova N.V., Ioudinkova E.S., Kovina A.P., Iarovaia O.V., Razin S.V. (2016) Characterization of the enhancer element of the Danio rerio minor globin gene locus. Histochem Cell Biol. 2016 Feb 4. [Epub ahead of print]
  11. Sklyar I., Iarovaia O.V., Gavrilov A.A., Pichugin A., Germini D., Tsfasman T., Caron G., Fest T., Lipinski M., Razin S.V., Vassetzky Y.S. (2016) Distinct Patterns of Colocalization of the CCND1 and CMYC Genes With Their Potential Translocation Partner IGH at Successive Stages of B-Cell Differentiation. J Cell Biochem. 2016 Feb 12. doi: 10.1002/jcb.25516. [Epub ahead of print]
  12. Гаврилов А.А., Разин С.В. (2015) Компартментализация клеточного ядра и пространственная организация генома. Молекулярная биология. 49: 26-45. (обзор).
  13. Разин С.В., Гаврилов А.А., Ульянов С.В. (2015) Регуляторные элементы эукариотического генома, контролирующие транскрипцию. Молекулярная биология. 49: 212-223 (обзор).
  14. Долгушин К.В., Юдинкова Е.С., Петрова Н.В., Разин С.В., Яровая О.В. (2015) Локус слитых / -глобиновых генов Danio rerio сегрегирован на структурные субдомены, экспрессирующиеся на разных стадиях развития. Молекулярная биология. 49: 498-506.
  15. Иванова А.А., Величко А.К., Кантидзе О.Л., Разин С.В. (2015) Тепловой стресс приводит к формированию цитоплазматических гранул, содержащих белок HCP70. Доклады Академии наук. 463: 226-229.
  16. Кантидзе О.Л., Величко А.К., Разин С.В. (2015) Репрессия транскрипции при тепловом стрессе. Биохимия. 80: 1181-1185.
  17. Разин С.В., Гаврилов А.А. (2015) Организация функциональных процессов в клеточном ядре: порядок, возникающий из беспорядка. Вестник Московского университета. Серия 16: Биология. 3: 13-20.
  18. Скляр И.В., Пичугин А.М., Разин С.В., Васецкий Е.С., Яровая О.В. (2015) Особенности ядерной локализации генов-партнеров по транслокациям в дифференцирующихся B-лимфоцитах. Доклады Академии наук. 464: 498-500.
  19. Юдинкова Е.С., Нефедочкина А.В., Яровая О.В., Разин С.В. (2015) Обнаружение двунаправленных транскриптов в межгенной области домена -глобиновых генов кур. Молекулярная биология. 49: 1002-1006.

RU   EN

Поиск

на сайте

в Яндекс

Полезные ссылки

ФАНО

РАН

Совет по науке и образованию

Минобрнауки

Российский Фонд Фундаментальных Исследований

Российский Научный Фонд

eLIBRARY.RU

Классическая и молекулярная биология

Наука и технологии России

Постнаука

N+1

Научная Россия

Элементы

Биомолекула

Мой геном

Blastim

Biohab

Телеканал Наука 2.0

Очевидное-невероятное

Фестиваль науки

Трансгенные животные в фарминдустрии

Практическая молекулярная биология

Biocompare

Подписка на новости

Институт биологии гена РАН