Лаборатория МОЛЕКУЛЯРНЫХ БИОТЕХНОЛОГИЙ

Руководитель лаборатории - Сергей Владимирович ТИЛЛИБ, д.б.н., sergei.tillib@gmail.com

Сотрудники и аспиранты лаборатории молекулярных биотехнологий:

Фуат Каримович ХАСАНОВ – старший научный сотрудник, д.б.н.

Татьяна Ильинична ИВАНОВА – научный сотрудник, к.б.н.

Марина Владимировна РУТОВСКАЯ – младший научный сотрудник, к.б.н.

Ольга Сергеевна ХАСАНОВА – младший научный сотрудник, к.б.н.

Антон Иванович БУРЛИН – младший научный сотрудник

Tel.: 7(499)135-22-01 Fax: 7(499)135-41-05
E-mail: sergei.tillib@gmail.com

Основное направление исследований:

  • Эпигенетические регуляторы

  • Трёхмерная структура ядра и пространственное распределение в ядре факторов, регулирующих структуру хроматина

  • «Верблюжьи» однодоменные «нано-антитела»

Глобальный фактор поддержания тканеспецифического активного состояния
генов Drosophila melanogaster, белок TRITHORAX, ассоциирован с ядерным матриксом.

Лебедева Л.А., Тиллиб С.В.

Приведенные в работе данные иммуннофлуоресцентного окрашивания и «Вестерн-блот» анализа распределения белка во фракциях экстрагированных ядер впервые демонстрируют, что белок триторакс (TRITHORAX), один из наиболее значимых белков системы поддержания тканеспецифического транскрипционно активного состояния многих генов Drosophila melanogaster, ассоциирован с ядерным матриксом. По весьма схожему характеру окрашивания триторакса в ядрах на разных стадиях их экстракции и на политенных хромосомах в интактном ядре, а также при частичном или полном разрушении ядерной оболочки и высвобождения хромосом, можно предположить, что триторакс, будучи связанным с определёнными регуляторными районами хромосом, в то же время взаимодействует с находящимися по соседству элементами ядерного скелета, то есть соединяет районы активно транскрибирующихся генов со структурами ядерного матрикса [6].

Исследование изменений транскрипции при острых лимфобластных
и миелобластных лейкемиях с перестройками гена ALL-1 / MLL1.

Тиллиб С.В. (совместная работа с E. Canaani и др., Thomas Jefferson University,
Philadelphia, USA and Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel)

В результате совместной работы проведено крупномасштабное исследование изменений транскрипции многих тысяч генов человека (на микрочипах фирмы Аффиметрикс) в случае лейкемий с хромосомными нарушениями, затрагивающими ген ALL1/MLL1 (гомолог дрозофилиного TRX). Выявлены гены, которые могут быть непосредственно вовлечены в онкогенез. Предполагается, что хромосомные перестройки, затрагивающие структурный и функциональный гомолог TRX у человека, ген ALL1/MLL1, в 5-10% случаев являются основной причиной возникновения лейкемий. Для анализа были взяты образцы РНК из лейкемических клеток более 50 больных лейкемией с определенными типами хромосомных транслокаций, а также из максимально похожих нормальных клеток. Полученные нами результаты помимо общей схожести изменений экспрессии генов с другими случаями раковой трансформации клеток демонстрируют также и наличие характерного рисунка транскрипционной активности генов в ALL1-ассоциированных опухолях. Вероятно, это отражает и отличительный особо агрессивный характер таких опухолей. Полученные данные могут помочь выявить критические нарушения, ведущие к раковому заболеванию, и предположить новые пути лечения. [7].

Идентификация и анализ новых хромосомных регуляторных элементов,
с которыми взаимодействуют TRITHORAX-содержащие комплексы.

Ряховский А.А., Тиллиб С.В.

С помощью модифицированной процедуры иммунопреципитации хроматиновых комплексов (X-ChIP), включающей дополнительные стадии их очистки, генерированы библиотеки геномных последовательностей ДНК, с которыми непосредственно взаимодействуют TRX-содержащие комплексы в клетках эмбрионов, клетках слюнных желез личинки дрозофилы и в культуральных S-2 клетках. Определена первичная структура различных проклонированных последовательностей. Среди их общих особенностей можно отметить характеристики матрикс-ассоциированных элементов, а также промоторных ТАТА-подобных элементов. Выявлены общие мотивы, возможно являющиеся важными для функционирования TRX-зависимой системы регуляции генов. В настоящее время ведется работа по подтверждению функциональной значимости выявленных последовательностей. В расширенной промоторной области гена fork head уточнены границы регуляторных элементов (TRE), необходимых для TRX-зависимого поддержания экспрессии этого гена. Плучены данные о ко-локализации TRE и скаффолд / матрикс-ассоциированных участков хромосом. [10.11].

Генерирование новых «нано-антител», специфически узнающих определенные
эндогенные белки, с помощью комбинированной процедуры иммунизации /
клонирования и селекции вариабельных доменов особых верблюжьих антител.

Тиллиб С.В., Вятчанин А.С., Рутовская М.В.
(совместная работа с Laboratorium voor Cellulaire en Moleculaire Immunologie,
Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2, B-1050 Brussel, Belgium).

Значительная часть антител у представителей сем. Верблюдовых не имеет в своём составе лёгкой цепи иммуноглобулина и представляет собой димер только одной укороченной тяжёлой цепи. Вариабельный домен, специфически узнающий антиген, при этом только один, что принципиально облегчает и повышает эффективность использования рекомбинантных технологий при клонировании и селекции этих узнающих доменов («нано-антител»). Для исследования ядерных белков необходимо генерировать много новых антител, и мы решили воспользоваться для этого новой весьма перспективной технологией, состоящей из трех принципиальных стадий: иммунизации верблюда (в условиях Подмосковья мы используем двугорбого верблюда), последующей процедуры клонирования всего репертуара вариабельных доменов соответствующих верблюжьих антител и селекции «нано-антител» к заданным антигенам методом фагового дисплея. К настоящему моменту мы уже успешно провели 5 полных (годовых) циклов данной процедуры и отобрали несколько антител к различным эндогенным клеточным антигенам, а также к ряду антигенов, которые используют для диагностических анализов и которые являются потенциальными мишенями для лечения раковых и иных заболеваний человека.

Совместно с бельгийскими и немецкими коллегами мы разработали новый подход для наблюдения за антигеном в живых клетках. Генерированные нами антиген-узнающие домены одноцепочечных верблюжьих миниантител (анти-ламин, анти-цитокератин-8) были соединены с флуоресцентным белком (RFP), чтобы получить флуоресцирующие антиген-связывающие белки. Мы показали, что такие флуоресцирующие мини-антитела могут быть экспрессированы в клетках (насекомых или млекопитающих) и могут связывать эпитопы в соответственно различных клеточных компартментах. Используя микроскопию живой клетки, оказалось возможным прослеживать динамические изменения антигенов на протяжении всего клеточного цикла. [9].

Публикации
Основные публикации до образования лаборатории:

  1. Tillib S, Petruk S, Sedkov Y, Kuzin A, Fujioka M, Goto T, Mazo A. (1999) Trithorax and Polycomb group response elements within a Ultrabithorax transcription maintenance unit consist of closely situated but separable sequences. Mol. Cell. Biol. 1999, 19:5289-5202.
  2. Rosovskaya T, Tillib S, Smith S, Sedkov Y, Rozenblatt-Rosen O, Petruk S, Yano T, Nakamura T, Ben-Simchon L, Gildea J, Croce C, Shearn A, Canaani E, Mazo A. Trithorax and ASH1 interact directly and associate with the Trithorax-Group responsive bxd region of the Ultrabithorax promoter. Mol. Cell. Biol. 1999, 19:6441-6447.
  3. Petruk S, Sedkov Y, Smith S, Tillib S, Kraevsky V, Nakamura T, Canaani E, Croce CM, Mazo A. Epigenetic regulator trithorax and acetyltransferase dCBP act in a protein complex to maintain expression of a homeotic gene. Science 2001, 294:1331-1334.
  4. Tillib SV, Mirzabekov, AD. Advances in the analysis of DNA sequence variations using oligonucleotide microchip technology. Curr Opin Biotechnol. 2001, 12:53-58.
  5. Tillib SV, Strizhkov BN, Mirzabekov AD. Integration of multiple PCR amplifications and DNA mutation analyses by using oligonucleotide microchip. Analytical Biochem. 2001, 292:155-160.

Публикации 2003-2013 г.г.

  1. Лебедева Л.А., Тиллиб С.В. Глобальный фактор поддержания тканеспеци-фического активного состояния генов Diosophila melanogaster белок TRITHORAX, ассоциирован с ядерным матриксом. // Генетика 2003. Т. 39. № 2. С. 250-258.
  2. Rozovskaia T, Ravid-Amir O, Tillib S, Getz G, Feinstein E, Agrawal H, Nagler A, Rappaport EF, Issaeva I, Matsuo Y, Kees UR, Lapidot T, Lo Coco F, Foa R, Mazo A, Nakamura T, Croce CM, Cimino G, Domany E, Canaani E. Expression profiles of acute lymphoblastic and myeloblastic leukemias with ALL-1 rearrangements. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100:7853-7858.
  3. Smith ST, Petruk S, Sedkov Y, Cho E, Tillib S, Canaani E, Mazo A. Modulation of heat shock gene expression by the TAC1 chromatin-modifying complex. Nature Cell Biol. 2004; 6:162-167.
  4. Rothbauer U, Zolghadr K, Tillib S, Nowak D, Schermelleh L, Gahl A, Backmann N, Conrath K, Muyldermans S, Cardoso MC, Leonhardt L. Targeting and tracing antigens in live cells with fluorescent nanobodies. Nature Methods 2006, 3:887-889.
  5. Ряховский А.А., Тиллиб С.В. Иммунопреципитационное картирование TRX-ассоциированных участков хромосом в промоторе гена fkh в клетках слюнных желез Drosophila melanogaster. Генетика, 2007, Т. 43, №9, С. 1181-1189.
  6. Ряховский А.А., Тиллиб С.В. Колокализация S/MAR и TRE в регуляторных участках хромосом тканеспецифически экспрессирующихся генов Drosophila melanogaster. Доклады Академии Наук, 2007, Т. 416, №3, С. 416-419.
  7. Султанова А.Н., Салахова А.Ф., Башкиров В.И., Хасанов Ф.К. (2007) Клеточные фенотипы мутанта по гену, кодирующему паралог Rad51 в делящихся дрожжах. Генетика. 2: 183-188.
  8. Салахова А.Ф., Башкиров В.И., Хасанов Ф.К. (2007) Dds20 действует в Cds1-независимом механизме толерантности к УФ-повреждениям ДНК в клетках S.pombe. Генетика. 43: 417-421.
  9. Khasanov F.K., Salakhova A.F., Khasanova O.S., Grishchuk A.L., Chepurnaja O.V., Korolev V.G., Kohli J., Bashkirov V.I. (2008) Genetic analysis reveals different roles of Schizosaccharomyces pombe sfr1/dds20 in meiotic and mitotic DNA recombination and repair. Curr Genet. 54: 197-211.
  10. Вятчанин А.С., Тиллиб С.В. Новый подход к исследованию клеточных компонентов, ассоциированных с определённым белком. Доклады Академии Наук. 2008. Т.421. №6. С. 826-829.
  11. Вятчанин А.С., Тиллиб С.В. Модификации процедуры фагового дисплея для повышения эффективности селекции антиген-связывающих доменов особых одноцепочечных верблюжьих антител. Биотехнология. 2008. №4. С. 32-34.
  12. Efimov G.A., Kruglov A.A., Tillib S.V., Kuprash D.V., Nedospasov S.A. (2009) Tumor Necrosis Factor and the consequences of its ablation in vivo. Mol Immunol. 47: 19-27.
  13. Muyldermans S, Baral TN, Retamozzo VC, De Baetselier P, De Genst E, Kinne J, Leonhardt H, Magez S, Nguyen VK, Revets H, Rothbauer U, Stijlemans B, Tillib S, Wernery U, Wyns L, Hassanzadeh-Ghassabeh G, Saerens D. Camelid immunoglobulins and nanobody technology. 2009. Vet. Immunol. Immunopathol. 128(1-3):178-183.
  14. Тиллиб С.В., Иванова Т.И., Васильев Л.А. (2010) Фингерпринтный анализ селекции «наноантител» методом фагового дисплея с использованием двух вариантов фагов-помощников. Acta Naturae. 2010. 2: 100-108.
  15. Хасанова О.С., Башкиров В.И., Хасанов Ф.К. (2010) Картирование сайта, определяющего взаимодействие между рекомбинационными белками в клетках дрожжей. Доклады Академии Наук. 434: 269-271.
  16. Тиллиб С.В. (2011) «Верблюжьи антитела» - эффективный инструмент для исследований, диагностики и терапии. Молекулярная биология. 45: 77-85.
  17. Грибова И.Ю., Тиллиб С.В., Тутыхина И.Л., Шмаров М.М., Логунов Д.Ю., Верховская Л.В., Народицкий Б.С., Гинцбург А.Л. (2011) Эффективная экспрессия наноантител рекомбинантным аденовирусным вектором in vitro. Acta Naturae. 3: 66-72.
  18. Goldman I.L., Georgieva S.G., Gurskiy Ya.G., Krasnov А.N., Privezentseva M.E., Tillib S.V., Deikin А.V., Sadchikova Е.R. (2012) New opportunities of using transgenic milk animals for pharmaceutical human protein production. Transgenic Research. 21: 923.
  19. Хасанова О.С., Вагин Д.А., Хасанов Ф.К. (2012) Рекомбинационная репарация в Schizosaccharomyces pombe: роль медиаторных белков. Молекулярная биология. 46: 726-733.
  20. Ефимов Г.А., Хлопчатникова З.В., Сазыкин А.Ю., Друцкая М.С., Круглов А.А., Шилов Е.С., Кучмий А.А., Недоспасов С.А., Тиллиб С.В. (2012) Получение и характеристика нового рекомбинантного однодоменного антитела, специфически связывающегося с TNF человека. Российский иммунологический журнал. 6: 337-345.
  21. Тиллиб С.В., Иванова Т.И., Лысюк Е.Ю., Ларин С.С., Кибардин А.В., Коробко Е.В., Вихрева П.Н., Гнучев Н.В., Георгиев Г.П., Коробко И.В. (2012) Наноантитела для детекции и блокирования биологической активности фактора роста эндотелия сосудов А165 человека. Биохимия. 77: 809-817.
  22. Tutykhina I.L., Sedova E.S., Gribova I.Y., Ivanova T.I., Vasilev L.A., Rutovskaya M.V., Lysenko A.A., Shmarov M.M., Logunov D.Y., Naroditsky B.S., Tillib S.V., Gintsburg A.L. (2013) Passive immunization with a recombinant adenovirus expressing an HA (H5)-specific single-domain antibody protects mice from lethal influenza infection. Antiviral Res. 97: 318-328.
  23. Tillib S.V., Ivanova T.I., Vasilev L.A., Rutovskaya M.V., Saakyan S.A., Gribova I.Y., Tutykhina I.L., Sedova E.S., Lysenko A.A., Shmarov M.M., Logunov D.Y., Naroditsky B.S., Gintsburg A.L. (2013) Formatted single-domain antibodies can protect mice against infection with influenza virus (H5N2). Antiviral Res. 97: 245-254.
  24. Бурлин А.И., Тиллиб С.В. (2013) Метод тестирования хромосомного регуляторного элемента in vivo путём его замещающего адресного встраивания в базовую трансгенную конструкцию, ранее интегрированную в геном. Доклады Академии наук. 450: 717-720.

2014:

  1. Tillib S.V., Privezentseva M.E., Ivanova T.I., Vasilev L.F., Efimov G.A., Gursky Y.G., Georgiev G.P., Goldman I.L., Sadchikova E.R. (2014) Single-domain antibody-based ligands for immunoaffinity separation of recombinant human lactoferrin from the goat lactoferrin of transgenic goat milk. J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci. 949-950C: 48-57.
  2. Гарас М.Н., Тиллиб С.В., Зубкова О.В., Рогожин В.Н., Иванова Т.И., Васильев Л.А., Логунов Д.Ю., Шмаров М.М., Тутыхина И.Л., Есмагамбетов И.Б., Грибова И.Ю., Банделюк А.С., Народицкий В.С., Гинцбург А.Л. (2014) Мишень-специфичная доставка генов с помощью рекомбинантных псевдоаденовирусных частиц, способных эффективно связываться с наноантителами. Acta naturae. 6: 102-113.
  3. Тиллиб С.В., Вятчанин А.С., Муилдерманс С. (2014) Молекулярный анализ структуры особых антител Сamelus bactrianus, состоящих только из тяжелых цепей. Биохимия. 79: 1689-1699.
  4. Друцкая М.С., Ефимов Г.А., Зварцев Р.В., Чащина А.А., Чудаков Д.М., Тиллиб С.В., Круглов А.А., Недоспасов С.А. (2014) Экспериментальные модели артрита, патогенез которых связан c экспрессией фактора некроза опухолей (TNF). Биохимия. 79: 1650 - 1658.

2015:

  1. Ivanova T.I., Krikunova L.I., Ryabchenko N.I., Mkrtchyan L.S, Khorokhorina V.A., Salnikova L.E. (2015) Association of the apolipoprotein E 2 allele with concurrent occurrence of endometrial hyperplasia and endometrial carcinoma. Oxid Med Cell Longev. 2015: 593658.

RU   EN

Поиск

на сайте

в Яндекс

Полезные ссылки

ФАНО

РАН

Совет по науке и образованию

Минобрнауки

Российский Фонд Фундаментальных Исследований

Российский Научный Фонд

eLIBRARY.RU

Классическая и молекулярная биология

Наука и технологии России

Постнаука

N+1

Научная Россия

Элементы

Биомолекула

Мой геном

Blastim

Biohab

Телеканал Наука 2.0

Очевидное-невероятное

Фестиваль науки

Трансгенные животные в фарминдустрии

Практическая молекулярная биология

Biocompare

Подписка на новости

Институт биологии гена РАН