Лаборатория РЕГУЛЯЦИИ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОВ

Заведующий лаборатории - Павел Георгиевич ГЕОРГИЕВ, академик РАН, д.б.н., профессор, georgiev_p@genebiology.ru

Сотрудники и аспиранты лаборатории регуляции генетических процессов:

Оксана Геннадьевна МАКСИМЕНКО – старший научный сотрудник, к.б.н. (mog@genebiology.ru)

Максим Максимович ЕРОХИН – старший научный сотрудник, к.б.н. (yermaxbio@yandex.ru)

Дарья Александровна ЧЕТВЕРИНА – старший научный сотрудник, к.б.н. (dchetverina@yandex.ru)

Александр Федорович ПАРШИКОВ - научный сотрудник (aparshikov@mail.ru)

Анна Сергеевна ДОЛГОВА – старший лаборант-исследователь (tutmos2003@inbox.ru)

Вячеслав Леонтьевич СТАХОВ – старший лаборант-исследователь (stakhov@yandex.ru)

Айгуль Альфредовна НАДЖИП – старший лаборант-исследователь

Максим Васильевич ТИХОНОВ – старший лаборант-исследователь (mtih@rambler.ru)

Низами Бадрудинович ГАСАНОВ – старший лаборант-исследователь (n.b.gasanov@rambler.ru)

Евгения Александровна ЧЕРКАСОВА – аспирант

Николай Александрович ЗОЛОТАРЕВ – аспирант

Павел Владимирович ЕЛИЗАРЬЕВ – аспирант (pavel-elizaryev@ya.ru)

Валентин Александрович БАБОША – аспирант

Ярослав Александрович ЛИТВИН - аспирант

Дмитрий Васильевич ЛОМАЕВ - аспирант

Анастасия Владимировна ТИТЕЛЬМАЕР - аспирант

Владимир Михайлович КОЗЛОВ - лаборант

Сергей Владимирович КУРЕВЛЕВ - лаборант

Игорь Сергеевич ОСАДЧИЙ - лаборант

Татьяна Николаевна ФЕДОРОВА - лаборант

Tel.: 7(499)135-97-34 7(499)135-97-01 7(499)135-99-06
Fax:
7(499)135-41-05

Основное направление исследований:

  • Исследование свойств инсуляторов дрозофилы и их роль в регуляции экспрессии генов

  • Механизмы дистанционных взаимодействий в ядре и их регуляция

  • Исследование свойств и функций транскрипционных факторов с ДНК-связывающим доменом «цинковые пальцы»

  • Исследование сопряжения сплайсинга и терминации при транскрипции генов РНК полимеразой II

  • Выяснение роли транскрипции в регуляции активности инсуляторов, сайленсеров и энхансеров

  • Технология наработки целевых белков на высоком и стабильном уровне в растениях, культурах клеток и молочных железах млекопитающих

Исследование свойств инсуляторов дрозофилы и их роль в регуляции экспрессии генов
Д. Четверина, М. Ерохин, П. Елизарьев, В. Стахов, Н. Золотарев, А. Паршиков, О. Максименко

У высших эукариот энхансер может активировать промотор на расстояниях, достигающих нескольких сотен тысяч пар нуклеотидов. Недавно для некоторых энхансеров млекопитающих было продемонстрировано, что белки, связанные с энхансером, способны непосредственно взаимодействовать с белками основного транскрипционного комплекса или вспомогательными белками, собранными на промоторе, при этом ДНК между ними образует петлю. Возникает вопрос, каким образом энхансер, взаимодействуя с промотором на больших дистанциях, правильно узнает свой промотор среди многих других рядом расположенных промоторов. В понимании механизмов дальних взаимодействий между регуляторными элементами большую роль может сыграть изучение инсуляторов. Инсуляторами были названы регуляторные элементы, блокирующие взаимодействие между энхансером и промотором, если находятся между ними. При этом инсуляторы не влияют непосредственно на активность энхансера и промотора, т.е. промотор может быть активирован другим энхансером, а энхансер может активировать другой промотор.

В лаборатории были найдены эндогенные инсуляторы на 3’ конце генов yellow (1А2 инсулятор) и white (Wari инсулятор). 1А2 инсулятор имеет два сайта связывания для белка Su(Hw), с которым связываются белки Mod(mdg4), СР190 и E(y)2. Вместе эти белки определяют активность 1А2 инсулятора. С Wari инсулятором взаимодействуют СР190 и E(y)2, однако ДНК-связывающий белок, определяющий активность инсулятора, пока не найден.

Кроме этого, было показано функциональное взаимодействие между двумя копиями 1А2 или Wari инсуляторов, а также между гетерологичными 1А2 и Wari инсуляторами. Инсуляторы, окружающие ген, способны намного лучше блокировать активность изолированных энхансеров по сравнению с одной копией инсулятора, расположенного между энхансером и промотором. В то же время, два инсулятора, расположенные между энхансером и промотором, могут взаимно нейтрализовать инсуляторную активность, если находятся в обратной ориентации относительно друг друга. Вероятным объяснением эффектов такого направленного действия может быть предположение о том, что c инсуляторами связываются как минимум два белка, которые, эффективно взаимодействуя между собой, формируют достаточно стабильный комплекс. Тогда, если инсуляторы находятся в одной ориентации, в результате взаимодействия между ними формируется петля, позволяющая регуляторным элементам, которые находятся внутри и с внешней стороны петли, взаимодействовать друг с другом. Наоборот, в случае, когда инсуляторы находятся в разных ориентациях, происходит сближение регуляторных элементов, расположенных с внешней стороны петли, формируемой инсуляторами.

Основной целью настоящих исследований является идентификация новых белков, определяющих функциональную активность эндогенных инсуляторов. Предварительные экспериментальные данные показывают, что эндогенные инсуляторы способны взаимодействовать с промоторами и поддерживать их базовую активность. Планируется выяснить механизм данного взаимодействия и идентифицировать коммуникаторные белки, привлекающие инсуляторы на регулируемые ими промоторы

Механизмы дистанционных взаимодействий в ядре и их регуляция
М. Ерохин, А. Бончук, В. Стахов, О. Максименко, А. Паршиков, Д. Четверина

Несмотря на то, что к настоящему моменту описано огромное количество энхансеров и промоторов, изучено множество факторов транскрипции, вопрос о механизме специфичности взаимодействия между энхансером и промотором остается открытым. Показано, что дистанционные взаимодействия между регуляторными элементами генома могут поддерживать белки, которые отвечают за активность инсуляторов. У позвоночных описан только один белок, CTCF, определяющий активность всех найденных на настоящий момент инсуляторов. Этот белок способен поддерживать сверхдальние взаимодействия между регуляторными элементами, которые находятся на расстоянии многих миллионов пар нуклеотидов и даже на разных хромосомах. Согласно предварительным экспериментальным данным, N-концевой домен CTCF, который гомодимеризуется, может участвовать в поддержании дистанционных взаимодействий между удаленными участками генома. Однако прямых экспериментальных подтверждений этой модели пока не получено. Согласно рабочей модели существуют дополнительные ДНК- связывающие белки, рекрутирующиеся на инсуляторы совместно с СТСF, которые могут быть вовлечены в дистанционные взаимодействия.

В нашей лаборатории было показано, что известные инсуляторные белки дрозофилы, Zw5, Su(Hw), и гомолог CTCF позвоночных (dCTCF), могут поддерживать дистанционные взаимодействия между расположенными на больших расстояниях регуляторными элементами. Все эти белки имеют ДНК-связывающий домен, состоящий из большого числа цинковых пальцев С2Н2 типа, и взаимодействуют с ВТВ/POZ-содержащими белками CP190 и Mod(mdg4). Общепризнанная модель предполагает, что способность ВТВ доменов к мультимеризации определяет специфичность дистанционных взаимодействий между инсуляторными белками. Основным аргументом этой модели является описанное в литературе свойство ВТВ-содержащего GAF белка поддерживать в гетерологичных системах дистанционные взаимодействия между энхансерами и промоторами. Однако в нашей лаборатории было показано, что белок GAF не может поддерживать дистанционные взаимодействия в модельной системе в дрозофиле.

Кроме выше перечисленных коммуникаторных белков, нами было продемонстрировано, что транскрипционный фактор Zeste обеспечивает дистанционные взаимодействия между энхансером и промотором гена white. Интересно, что Zeste отличается по своей структуре от других коммуникаторных белков, что предполагает большое разнообразие доменов, вовлеченных в поддержание дистанционных взаимодействий.

Основной целью исследований в данном направлении является идентификация доменов, ответственных за дистанционные взаимодействия. C этой целью проводится исследование отдельных доменов кандидатных белков in vitro на способность к мультимирезации. Для подтверждения функциональной значимости идентифицированных доменов in vivo применяются ранее созданные модельные системы в линиях дрозофилы. Если тестируемый белок или его мутантное производное может поддерживать дистанционные взаимодействия, происходит стимуляция транскрипции репортерного гена. Необходимо отметить, что с сайтами связывания для тестируемого белка могут связываться другие неизвестные белки, теоретически способные участвовать в дистанционных взаимодействиях. Следовательно, получение позитивных результатов не даст однозначный ответ о роли доменов тестируемого белка в дистанционных взаимодействиях. Поэтому в настоящее время разрабатывается аналогичная система в дрожжах, в клетках которых отсутствуют механизмы поддержания дистанционных взаимодействий между энхансерами и промоторами.

Исследование свойств и функций транскрипционных факторов
с ДНК-связывающим доменом «цинковые пальцы»

В. Стахов, А. Бончук, Е.Черкасова, В. Алешина, О. Комарынец, О. Максименко

Общей характерной чертой всех ДНК-связывающих инсуляторных белков является наличие большого числа тандемно повторяющихся доменов, названных цинковыми пальцами. Белки Su(Hw), CTCF и Zw5 имеют соответственно 12, 11 и 8 цинковых пальцев. Домен цинковые пальцы содержит два цистеиновых и два гистидиновых остатка, которые взаимодействуют с ионом цинка, а расположенная между ними полипептидная цепочка выпетливается в виде «пальца».

Семейство белков с цинковыми пальцами составляет около 2,3% всех белков у дрозофилы и около 3% всех белков у человека. Примерно 29% Zf белков является консервативными между человеком и дрозофилой. Несмотря на представительность этого класса белков, подавляющая их часть остается практически неизученной. Известно, что эти домены, состоящие из большого числа тандемно повторяющихся цинковых пальцев, способны эффективно и специфично связываться с ДНК, упакованной в нуклеосомы. Так, для CTCF было показано, что он остается ассоциированным со многими своими сайтами связывания даже во время митоза. Возможно, это свойство помогает осуществлять эпигенетическую регуляцию, то есть белки с Zf могут играть роль особых эпигенетических модулей памяти во время клеточного деления и облегчать связывание с хроматином белковых комплексов, которые отвечают за модификации гистонов. Таким образом, Zf белки могут быть ответственны за поддержание архитектуры хромосом и эпигенетическую регуляцию.

Основными целями настоящего исследования является идентификация новых доменов Zf белков, выяснение функциональной роли этих доменов, идентификация белков и комплексов, взаимодействующими с Zf белками, их роль в регуляции структуры хроматина и экспрессии генов.

Исследование сопряжения сплайсинга и терминации при транскрипции генов РНК полимеразой II
М. Тихонов, Н. Гасанов, О. Максименко

Большинство генов эукариотических организмов транскрибируется РНК полимеразой II. Необходимым этапом синтеза мРНК является формирование стабильного 3’-конца молекулы, происходящее в процессе терминации транскрипции. Хотя за последние два десятилетия стали понятны общие принципы терминации транскрипции, остались невыясненными многие вопросы о деталях механизма и регуляции. Так, например, не понятно, может ли происходить терминация при расположении терминатора в интроне гена, влияют ли на этот процесс белки сплайсинга; чем отличается этот процесс при типичном положении терминатора. Происходит ли терминация при расположении терминатора на небольшом расстоянии от промотора, или каким образом работает механизм, предотвращающий такую возможность?

Для исследования механизмов сопряженного функционирования систем сплайсинга и терминации транскрипции в лаборатории создана бицистронная модельная система, основанная на транзиентно трансфецированных культурах клеток дрозофилы. Для исследования особенностей терминации транскрипции модельная система модифицируется таким образом, чтобы можно было тестировать эффективность прохождения терминации на маленьком расстоянии от точки начала транскрипции, а также внутри конститутивного интрона и в непосредственной близости от него. Кроме этого изучается структура образующихся транскриптов для выяснения сопряжения систем сплайсинга и терминации транскрипции.

Благодаря процессам альтернативного и транс-сплайсинга с одного и того же гена могут транскрибироваться молекулы мРНК, белковые продукты которых обладают разными свойствами. Одним из ярких примеров является сложный локус mod(mdg4), который кодирует более 20 изоформ, различающихся по C-концевому домену. Вариабельные экзоны локуса mod(mdg4) находятся как на той же, так и на гомологичной цепи ДНК, в последнем случае формирование зрелой мРНК происходит в результате транс-сплайсинга. В настоящее время в лаборатории проводятся эксперименты для ответа на вопросы, каким образом происходит и регулируется образование различных изоформ Mod(mdg4) и каковы механизмы транс-сплайсинга. Проводятся исследования по выявлению регуляторных модулей транс-сплайсинга и белков, непосредственно участвующими в работе данных модулей.

Выяснение роли транскрипции в регуляции активности инсуляторов, сайленсеров и энхансеров
Д. Четверина, М. Ерохин, Д. Леман, А. Бончук, М. Тихонов, О. Максименко

Геном высших эукариот - сложноорганизованная, но в то же время гибкая и тонко регулируемая система. Пространственно-временная специфичность активации или репрессии генов достигается разными путями. Один из центральных – регуляция уровня транскрипции. Недавно было обнаружено, что РНК полимераза II, сидящая на многих промоторах, не может эффективно начать синтез мРНК. Она синтезирует короткие РНК в обоих направлениях от промотора. Известно, что со многих энхансеров так же идет транскрипция. Наконец, существует много промоторов, индуцирующих некодирующие транскрипты.

Некодирующие транскрипты являются ключевыми компонентами белковых комплексов, обеспечивающих дозовую компенсацию у дрозофилы и инактивацию Х хромосомы у млекопитающих. Недавно была выявлена ключевая роль некодирующих РНК при сборке репрессионного Polycomb комплекса в процессах репрессии HOX генов млекопитающих.

Однако роль некодирующих транскриптов может быть намного шире, чем предполагается в настоящее время. В нашей лаборатории ведутся исследования роли транскрипции в регуляции активности энхансеров, сайленсеров и промоторов. Для этого созданы модельные трансгенные линии дрозофилы, в которых через исследуемые регуляторные элементы идет сильная или слабая транскрипция. Одновременно проводятся исследования на примере репортерных систем и в модельных локусах в различных клеточных линиях дрозофилы.

Технология наработки целевых белков на высоком и стабильном уровне
в растениях, культурах клеток и молочных железах млекопитающих

Н. Гасанов, М. Тихонов, А. Долгова, А. Наджип, В. Алешина, В. Стахов, О. Максименко

В настоящее время производство рекомбинантных белков для медицины и ветеринарии является динамично развивающимся рынком, который оценивается в десятки миллиардов долларов. С каждым годом все больше лекарственных препаратов и биологических добавок нового поколения, таких как антитела и сложные белковые молекулы, производятся в биореакторах, основанных на культурах клеток эукариот, молочных железах животных и в растениях.

Исследования по усовершенствованию трансгенных векторов ведутся во многих лабораториях и фирмах мира, прежде всего в Западной Европе и США. До настоящего времени не получено эффективных регуляторных элементов, создающих высокий и независимый от окружающих последовательностей уровень экспрессии трансгена. Это можно объяснить тем, что, возможно, не существует эффективных природных элементов с требуемыми свойствами. Экспрессия природных генов должна находиться под жестким контролем, и обычно нет необходимости в стабильно высоком уровне экспрессии, который является желательным при экспрессии трансгена.

Поэтому в нашей лаборатории разрабатывается новый способ по повышению эффективности наработки целевых белков в клетках млекопитающих, молочных железах животных и растений при помощи использования в трансгенных конструкциях комбинаций регуляторных элементов, обладающих определенными свойствами: способность к взаимной изоляции транскрипционного сигнала, наведение зоны открытого хроматина, рекрутирование белковых комплексов, модулирующих активность хроматина.

Публикации
Предыдущие основные публикации по направлениям исследований:

  1. Georgiev PG, Gerasimova TI. Novel genes influencing the expression of the yellow locus and mdg4 (gypsy) in Drosophila melanogaster. Mol. Gen. Genet. 1989, 220:121-126.
  2. Georgiev PG., Kiselev SL, Simonova OB, Gerasimova TI. A novel transposition system in Drosophila melanogaster depending on the Stalker mobile genetic element. EMBO J. 1990, 9:2037-2044
  3. Georgiev PG, Corces VG. The su(Hw) protein bound to gypsy sequences in one chromosome can repress enhancer-promoter interactions in the paired gene located in the other homolog. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92:5184-5188.
  4. Georgiev P.G., Kozycina M. Interaction between supressor of Hairy wing and modifier of mdg4 gene products in transcription control. Genetics 1996, 140:425-436.
  5. Georgiev P, Tikhomirova T, Yelagin V, Belenkaya T, Gracheva E, Parshikov A, Evgen'ev MB, Samarina OP, Corces VG. Insertion of hybrid P element in the yellow gene of Drosophila cause a large variety of mutant phenotypes. Genetics 1997, 146:583-594.
  6. Bezborodova E, Kulikov A, Georgiev P. A new family of genes which, when mutated, suppress the inhibitory effect of the mod(mdg4)1u1 mutation on y2 expression in Drosophila melanogaster. Mol. Gen. Genet. 1997, 257:83-90.
  7. Gause M, Hovhannisyan H, Kan T, Kuhfittig S, Mogila V, Georgiev P. The hobo-induced rearrangements in the yellow locus influence the insulation effect of the gypsy su(Hw)-binding region in the Drosophila melanogaster. Genetics 1998, 149:1393-1405.
  8. Belenkaya T, Soldatov A, Nabirochkina E, Birjukova I, Georgieva S, Georgiev P. The allele of the polyhomeotic gene induced by P element insertion encodes a new chimeric protein, that negatively regulates the expression of P-induced alleles in the yellow locus of Drosophila melanogaster. Genetics 1998, 150:687-697.
  9. Soldatov A, Nabirochkina E, Georgieva S, Belenkaya T, Georgiev P. TAFII40 protein is encoded by the e(y)1 gene: biological consequences of mutations. Mol. Cell. Biol. 1999, 19:3769-3778.
  10. Golovnin A, Gause M, Georgieva S, Gracheva E, Georgiev P. Su(Hw) insulator can disrupt enhancer-promoter interactions when located more than 20 kilobases away from the Drosophila achaete-scute complex. Mol. Cell. Biol. 1999, 19:3443-3456.
  11. Mikhailovsky S, Belenkaya T, Georgiev P. Broken chromosome ends can be elongated by conversion in Drosophila melanogaster. Chromosoma 1999, 108:114-120.
  12. Biryukova I, Belenkaya T, Hovannisian H, Kochieva E, Georgiev P. The P-Ph protein-mediated repression of yellow expression depends on different cis and trans-factors in Drosophila melanogaster. Genetics 1999, 152:1641-1652.
  13. Kahn, T., Savitsky M., Georgiev P. Attachment of HeT-A sequences to chromosomal termini in Drosophila melanogaster may occur by different mechanisms. Mol. Cel. Biol. 2000, 20:7634-7642.
  14. Muravyeva E, Golovnin A, Gracheva E, Parshikov A, Belenkaya T, Pirrotta V, Georgiev P. Loss of insulator activity by paired Su(Hw) chromatin insulators. Science, 2001, 291: 495-497.
  15. Georgieva S, Nabirochkina E, Dilworth FJ, Eickhoff H, Becker P, Tora L, Georgiev P, Soldatov A.. The novel transcription factor e(y)2 interacts with TAFII40 and potentiates transcription activation on chromatin templates. Mol. Cel. Biol., 2001, 21:5223-5231.
  16. Golovnin A, Georgieva S, Hovhannisyan H, Barseguyan K, Georgiev P. P-element mediated duplications of genomic regions in Drosophila melanogaster. Chromosoma 2002, 111:126-138.
  17. Savitsky M, Kravchuk O, Melnikova L, Georgiev P. Heterochromatin Protein 1 is Involved in Control of Telomere Elongation in Drosophila melanogaster. Mol. Cel. Biol. 2002, 22:3204-3218.
  18. Melnikova L, Gause M, Georgiev P. The gypsy insulators flanking yellow enhancers do not form a separate transcriptional domain in Drosophila melanogaster: the enhancers can activate an isolated yellow promoter. Genetics 2002, 160:1549-1560.
  19. Melnikova L, Georgiev P. Enhancer of terminal gene conversion, a new mutation in Drosophila melanogaster that induces telomere elongation by gene conversion. Genetics 2002, 162:1301-1312.
  20. Golovnin A., Birukova I., Romanova O., Silicheva M., Parshikov A., Savitskaya E., Pirrotta V., Georgiev P. An endogenous Su(Hw) insulator separates the yellow gene from the Achaete-Scute gene complex in Drosophila. Development 2003, 130:3249-3258.
  21. Savitsky M, Kahn T, Pomerantseva E, Georgiev P. Transvection at the End of the Truncated Chromosome in Drosophila melanogaster. Genetics 2003, 163:1375-1387.
  22. Karakozova M, Savitskaya E, Melnikova L, Parshikov A, Georgiev P. The Mod(mdg4) component of the Su(Hw) insulator inserted in the P transposon can repress its mobility in Drosophila melanogaster. Genetics 2004, 167:1275-80.
  23. Melnikova L, Juge F, Gruzdeva N, Mazur A, Cavalli G, Georgiev P. Interaction between the GAGA factor and Mod(mdg4) proteins promotes insulator bypass in Drosophila. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 2004, 101:14806-11.
  24. Melnikova L, Biessmann H, Georgiev P. Excision of a P element is suppressed at the end of a terminally deficient chromosome in Drosophila melanogaster. Mol. Genet. Genomics 2004, 272:512-8.

Публикации 2005-2012 г.г.

2005:

  1. Gruzdeva N, Kyrchanova O, Parshikov A, Kullyev A, Georgiev P. The Mcp element from the bithorax complex contains an insulator that is capable of pairwise interactions and can facilitate enhancer-promoter communication. Mol. Cell. Biol. 2005, 25:3682-3689.
  2. Melnikova L, Biessmann H, Georgiev P. The Ku protein complex is involved in length regulation of Drosophila telomeres. Genetics 2005, 170:221-235.
  3. Golovnin A, Melnick E, Mazur A, Georgiev P. Drosophila Su(Hw) insulator can stimulate transcription of a weakened yellow promoter over a distance. Genetics 2005, 170:1133-1142.
  4. Kravchenko E, Kravchuk O, Savitskaya E, Parshikov A, Georgiev P, Savitsky M. The pairing between gypsy insulators located in homologous chromosomes facilitates enhancer action in trans throughout the Drosophila genome. Mol. Cell. Biol. 2005, 25:9283-9291.
  5. Melnikova L, Georgiev P. Drosophila telomeres: the non-telomerase alternative. Chromosome Res. 2005, 13:431-441.
  6. Rodin S, Georgiev P. Handling three regulatory elements in one transgene: a new I-SceI recombination system to supplement the Cre/LOX and Flp/FRT. BioTechniques 2005, 39:871-876.
  7. Мазур АМ, Георгиев ПГ, Головнин АК. Анализ взаимодействия между белками, содержащими ВТВ домен в дрожжевой двугибридной системе. ДАН 2005, 400:261-264.
  8. 32. Мазур АМ, Георгиев ПГ, Головнин АК. Кислый домен, находящийся на С-конце белка Su(Hw) репрессирует транскрипцию в дрожжевой двугибридной системе. ДАН 2005, 400:113-115.
  9. Родин СА, Георгиев ПГ. Изучение свойств Fab-7 инсулятора у Drosophila melanogaster. ДАН 2005, 404:419-421.
  10. Родин СА, Георгиев ПГ. Новый метод делеции заданной последовательности в трангенных линиях Drosophila melanogaster. ДАН 2005, 404:263-266.
  11. Костюченко МВ, Савицкая ЕЕ, Каракозова МВ, Георгиев ПГ. Исследование регуляторной области гена white Drosophila melanogaster. ДАН 2005, 405:128-132.
  12. Shidlovskii YV, Krasnov AN, Nikolenko JV, Lebedeva LA, Kopantseva M, Ermolaeva MA, Ilyin YV, Nabirochkina EN, Georgiev PG, Georgieva SG. A novel multidomain transcription coactivator SAYP can also repress transcription in heterochromatin. EMBO J. 2005, 24:97-107.

2006:

  1. Savitsky M, Kwon D, Georgiev P, Kalmykova A, Gvozdev V. Telomere elongation is under control of the RNAi-based mechanism in the Drosophila germline. Genes Dev. 2006, 20:345-354.
  2. Savitskaya E, Melnikova L, Kostuchenko M, Kravchenko E, Pomerantseva E, Boikova T, Chetverina D, Parshikov A, Zobacheva P, Gracheva E, Galkin A, Georgiev P. Study of Long-Distance Functional Interactions between Su(Hw) Insulators that Can Regulate Enhancer-Promoter Communication in Drosophila melanogaster. Mol. Cell. Biol. 2006, 26:754-761
  3. Pomerantseva E, Biryukova I, Silicheva R, Savitskaya E, Golovnin A, Georgiev P. Transposition of regulatory elements by P element-mediated rearrangements in Drosophila melanogaster. Genetics 2006, 172:2283-2291.
  4. Comet I, Savitskaya E, Schuettengruber B, Negre N, Lavrov S, Parshikov A, Juge F, Gracheva E, Georgiev P, Cavalli G. PRE-mediated bypass of two Su(Hw) insulators targets PcG proteins toa downstream promoter. Dev. Cell 2006, 11:117-124.
  5. Максименко О, Четверина Д, Георгиев П. Свойства, механизмы действия инсуляторов высших эукариот и их роль в регуляции транскрипции. Генетика 2006, 42:845-857.
  6. Kopytova DV, Krasnov AN, Kopantceva MR, Nabirochkina EN, Nikolenko JV, Maksimenko O, Kurshakova MM, Lebedeva LA, Yerokhin MM, Simonova OB, Korochkin LI, Tora L, Georgiev PG, Georgieva SG. Two isoforms of Drosophila TRF2 are involved in embryonic development, premeiotic chromatin condensation, and proper differentiation of germ cells of both sexes. Mol. Cell. Biol. 2006, 26:7492-7505.

2007:

  1. Kyrchanova O., Toshchakov S., Parshikov A., Georgiev P. Study of the functional interaction between Mcp insulators from the Drosophila bithorax complex: effects of insulator pairing on the enhancer-promoter communication. Mol. Cell. Biol. 2007, 27:3035-3043.
  2. Golovnin A, Mazur A, Kopantseva M, Kurshakova M, Gulak PV, Gilmore B, Whitfield WGF, Geyer P, Pirrotta V, Georgiev P. 2007 Integrity of the Mod(mdg4)-67.2 BTB domain is critical to insulator function in Drosophila. Mol. Cell. Biol. 2007, 27:963-974.
  3. Kurshakova M, Maksimenko O, Golovnin A, Pulina M, Georgieva S, Georgiev P, Krasnov A. Evolutionarily conserved E(y)2/Sus1 protein is essential for the barrier activity of Su(Hw)-dependent insulators in Drosophila. Mol. Cell 2007, 27:332-338.
  4. Shpiz S, Kwon D, Uneva A, Kim M, Klenov M, Rozovsky Y, Georgiev P, Savitsky M, Kalmykova A. Characterization of Drosophila telomeric retroelement TAHRE: transcription, transpositions and RNAi-based regulation of expression. Mol. Biol. Evol. 2007, 24:2535-2545.
  5. Rodin S, Kyrchanova O, Pomerantseva E, Parshikov A, Georgiev P. New Properties of Drosophila Fab-7 insulator. Genetics 2007, 177:113-121.
  6. Максименко ОГ, Георгиев ПГ. Исследование барьерной активности 1А2-инсулятора Drosophila melanogaster. Доклады Академии наук 2007, 416:264-267.
  7. Максименко ОГ, Георгиев ПГ. Изучение структуры 1А2-инсулятора Drosophila melanogaster. Доклады Академии наук 2007, 416:404-407.
  8. Мельникова ЛС, Кривега ИВ, Георгиев ПГ, Головнин АК. Белок ядерного матрикса EAST участвует в регуляции транскрипции гена yellow у Drosophila melanogaster. Докл Ак Наук, 2007, 415:1-4.
  9. Мельникова ЛС, Кривега ИВ, Георгиев ПГ, Головнин АК. Белок ядерного матрикса EAST влияет на транскрипцию генов Drosophila melanogaster независимо от присутствия последовательностей ретротранспозона МДГ4. Генетика, 2007, 43:1-5.

2008:

  1. Chetverina D, Savitskaya E, Maksimenko O, Melnikova L, Zaytseva O, Parshikov A, Galkin AV, Georgiev P. Red flag on the white reporter: a versatile insulator abuts the white gene in Drosophila and is omnipresent in mini-white constructs. Nucleic Acids Research 2008, 36:929-37.
  2. Melnikova L, Biryukova I, Kan T, Georgiev P. Long-distance interactions between regulatory elements are suppressed at the end of a terminally deficient chromosome in Drosophila melanogaster. Chromosoma 2008, 117:41-50.
  3. Golovnin A, Kostuchenko M, Volkov I, Melnikova L, Georgiev P. “Insulator bodies” are aggregates of proteins but not of insulators. EMBO Rep, 2008, 9:440-445.
  4. Melnikova L, Kostuchenko M, Silicheva M, Georgiev P. Drosophila gypsy insulator and yellow enhancers regulate activity of yellow promoter through the same regulatory element. Chromosoma, 2008, 117:137-145.
  5. Kyrchanova O, Toshchakov S, Podstreshnaya Y, Parshikov A, Georgiev P. Study of the functional interaction between the Fab-7 and Fab-8 boundaries and the upstream promoter region in Drosophila Abd-B gene. Mol Cell Biol, 2008, 28:4188-4195.
  6. Maksimenko O, Golovnin A, Georgiev P. Enhancer–promoter communication is regulated by insulator pairing in a Drosophila model bigenic locus. Mol Cell Biol, 2008, 28:5469-5477.
  7. Kyrchanova O, Chetverina D, Maksimenko O, Kullyev A, Georgiev P. Orientation-dependent interaction between Drosophila insulators is a property of this class of regulatory elements. Nucl Acid Res, 2008, 36:7019-7028.
  8. Кривега МН, Кривега ИВ, Головнин АК, Георгиев ПГ. Исследование роли белка Zeste в обеспечении дистанционной инактивации гена white Рс- зависимым репрессорным комплексом. Докл Ак Наук, 2008, 421:697-700.
  9. Костюченко МВ, Савицкая ЕЕ, Волков ИА, Головнин АК, Георгиев ПГ. Изучение функционального взаимодействия между тремя копиями инсулятора из мобильного элемента МДГ4 на примере модельной системы гена miniwhite Drosophila melanogaster. Докл Ак Наук, 2008, 421:830–834.
  10. Костюченко МВ, Савицкая ЕЕ, Кривега МН, Георгиев ПГ. Несколько копий инсулятора из МДГ4 могут определять взаимодействия между позитивно и негативно действующими регуляторными элементами и промотором гена miniwhite у Drosophila melanogaster. Генетика, 2008, 44:1693-1697.

2009-2010:

  1. Kostyuchenko M, Savitskaya E, Koryagina E, Melnikova L, Karakozova M, Georgiev P. Zeste can facilitate long-range enhancer-promoter communication and insulator bypass in Drosophila melanogaster. Chromosoma 2009, 118:665-674.
  2. Ерохин ММ, Георгиев ПГ, Четверина ДА. Создание новой системы для исследования инсуляторов Drosophila melanogaster. Докл Ак Наук, 2009, 428:115-117.
  3. Silicheva M, Golovnin A, Pomerantseva E, Parshikov A, Georgiev P, Maksimenko O. Drosophila mini-white model system: new insights into positive position effects and the role of transcriptional terminators and gypsy insulator in transgene shielding. Nucl Acid Res, 2010, 38:39-47.
  4. Erokhin M, Parshikov A, Georgiev P, Chetverina D. E(y)2/Sus1 is required for blocking PRE silencing by the Wari insulator in Drosophila melanogaster. Chromosoma, 2010, 119:243-253.
  5. Krivega M, Savitskaya E, Krivega I, Karakozova M, Parshikov A, Golovnin A, Georgiev P. Interaction between a pair of gypsy insulators or between gypsy and Wari insulators modulates Flp site-specific recombination in Drosophila melanogaster. Chromosoma, 2010, 119:425-434.
  6. Ерохин ММ, Георгиев ПГ, Четверина ДА. Исследование эффекта функциональных взаимодействий между негомологичными инсуляторами Wari и Su(Hw). Генетика, 2010, 46:18-25.
  7. Кырчанова ОВ, Георгиев ПГ. Исследование функционального взаимодействия между инсулятором и Рс- зависимым сайленсером на примере Мср-границы Abd-B гена Drosophila melanogaster. Генетика, 2010, 46:593-603.

2011-2012:

  1. Li HB, Muller M, Bahechar IA, Kyrchanova O, Ohno K, Georgiev P, Pirrotta V. (2010) Insulators, not Polycomb Response Elements, are required for long-distance interactions between Polycomb targets in Drosophila. Mol Cell Biol, 2011, 31:616-625.
  2. Kyrchanova O, Ivlieva T, Toshchakov S, Parshikov A, Maksimenko O, Georgiev P. Selective interactions of boundaries with upstream region of Abd-B promoter in Drosophila bithorax complex and role of dCTCF in this process. Nucl Acid Res, 2011, 39:3042-3052.
  3. Bonchuk, A., Denisov, S., Georgiev, P., Maksimenko, O. 2011. Drosophila BTB/Poz domains of “ttk group” can form multimers and selectively interact with each other. J Mol Biol, 2011, 412:423-436.
  4. Erokhin, M., Davydova, A., Kyrchanova, O., Parshikov, A., Georgiev, P., Chetverina, D. Insulators form gene loops by interacting with promoters in Drosophila. Development, 2011, 138:4097-4106.
  5. Golovnin, A., Volkov, I., Georgiev, P. SUMO conjugation is required for the assembly of Drosophila Su(Hw) and Mod(mdg4) into insulator bodies that facilitate insulator complex formation. J Cell Sci (in press).
  6. Кырчанова, О.В., Георгиев, П.Г. Инсулятор Fab-7 из регуляторной области bithorax-комплекса эффективно блокирует Polycomb- зависимую репрессию у Drosophila melanogaster. Генетика, 2011, 47:1-8.
  7. Ивлиева, Т.А., Георгиев, П.Г., Кырчанова, О.В. Исследование способности новых границ в bithorax-комплексе Drosophila melanogaster блокировать взаимодействие между энхансерами и промоторами. Генетика, 2011 47:1184-1189.
  8. Кырчанова, О.В., Ивлиева, Т.А., Георгиев, П.Г. Инсуляторы из регуляторной области bithorax-комплекса Drosophila melanogaster при взаимодействии способны формировать независимые домены экспрессии. Генетика, 2011, 47:1586-1595.
  9. Давыдова, А.И., Ерохин, М.М., Георгиев, П.Г., Четверина, Д.А. Дистанционные взаимодействия между энхансерами и промоторами D. Melanogaster опосредуются фланкирующими трансген Su(Hw)-инсуляторами. Генетика, 2011, 47:1-7.

2013:

  1. Kyrchanova O., Leman D., Parshikov A., Fedotova A., Studitsky V., Maksimenko O., Georgiev P. (2013) New Properties of Drosophila scs and scs' Insulators. PLoS One. 8: e62690.
  2. Kyrchanova O., Maksimenko O., Stakhov V., Ivlieva T., Parshikov A., Studitsky V.M., Georgiev P. (2013) Effective blocking of the white enhancer requires cooperation between two main mechanisms suggested for the insulator function. PLoS Genet. 9: e1003606.
  3. Kyrchanova O., Georgiev P. (2013) Chromatin insulators and long-distance interactions in Drosophila. FEBS Lett. 2013 Nov 5. pii: S0014-5793(13)00809-0.
  4. Chetverina D., Aoki T., Erokhin M., Georgiev P., Schedl P. (2013) Making connections: Insulators organize eukaryotic chromosomes into independent cis-regulatory networks. Bioessays. 2013 Nov 26. doi: 10.1002/bies.201300125.
  5. Erokhin M., Davydova A., Parshikov A., Studitsky V.M., Georgiev P., Chetverina D. (2013) Transcription through enhancers suppresses their activity in Drosophila. Epigenetics Chromatin. 2013 Sep 26;6(1):31. doi: 10.1186/1756-8935-6-31.
  6. Четверина Д.А., Елизарьев П.В., Георгиев П.Г., Ерохин М.М. (2013) 1А2-инсулятор взаимодействует с промотором гена hsp70 D. melanogaster. Генетика. 49: 429-438.
  7. Максименко О.Г., Дейкин А.В., Ходарович Ю.М., Георгиев П.Г. (2013) Использование трансгенных животных в биотехнологии - перспективы и проблемы. Acta Naturae. 5: 33-46.
  8. Головнин А.К., Дворецкий Е.В., Костюченко М.В., Шамсутдинов М.Ф., Георгиев П.Г., Мельникова Л.С. (2013) Продукт локуса mod(mdg4), Mod(mdg4)-64.2, напрямую взаимодействует с белками семейства Tweedle у Drosophila melanogaster. Доклады Академии наук. 452: 96-99.
  9. Головнин А.К., Шаповалов И.С., Костюченко М.В., Шамсутдинов М.Ф., Георгиев П.Г., Мельникова Л.С. (2014) Белок Chromator взаимодействует с белками семейства MOD(MDG4) у Drosophila melanogaster. Доклады академии наук. 454: 1-4.
  10. Тихонов М.В., Георгиев П.Г., Максименко О.Г. (2013) Конкуренция внутри интронов: Сплайсинг побеждает полиаденилирование. Acta Natura. 5: 104-114.

2014:

  1. Chetverina D., Aoki T., Erokhin M., Georgiev P., Schedl P. (2014) Making connections: Insulators organize eukaryotic chromosomes into independent cis-regulatory networks. Bioessays. 36: 163-172.
  2. Kyrchanova O., Georgiev P. (2014) Chromatin insulators and long-distance interactions in Drosophila. FEBS Lett. 588: 8-14.
  3. Maksimenko O., Georgiev P. (2014) Mechanisms and proteins involved in long-distance interactions. Front Genet. 18; 5:28. Review.
  4. Maksimenko O., Kyrchanova O., Bonchuk A., Stakhov V., Parshikov A., Georgiev P. (2014) Highly conserved ENY2/Sus1 protein binds to Drosophila CTCF and is required for barrier activity. Epigenetics. 9: 1261-1270.
  5. Леман Д.В., Паршиков А.Ф., Георгиев П.Г., Максименко О.Г. (2014) Структурно-функциональная организация инсулятора SF1 Drosophila melanogaster и его значение в регуляции транскрипции в трансгенных линиях. Генетика. 50: 392- 399.
  6. Тихонов М.В., Георгиев П.Г., Максименко О.Г. (2014) Исследование активности инсулятора 1А2 и сигнала полиаденилирования в интроне гена yellow Drosophila melanogaster. Доклады Академии наук. 456: 241-245.

2015:

  1. Maksimenko O., Bartkuhn M., Stakhov V., Herold M., Zolotarev N., Jox T., Buxa M.K., Kirsch R., Bonchuk A., Fedotova A., Kyrchanova O., Renkawitz R., Georgiev P. (2015) Two new insulator proteins, Pita and ZIPIC, target CP190 to chromatin. Genome Res. 25: 89-99.
  2. Erokhin M., Vassetzky Y., Georgiev P., Chetverina D. (2015) Eukaryotic enhancers: common features, regulation, and participation in diseases. Cell Mol Life Sci. 72: 2361-2375.
  3. Kyrchanova O., Mogila V., Wolle D., Magbanua J.P., White R., Georgiev P., Schedl P. (2015) The boundary paradox in the Bithorax complex. Mech Dev. pii: S0925-4773(15)30003-4.
  4. Bonchuk A., Maksimenko O., Kyrchanova O., Ivlieva T., Mogila V., Deshpande G., Wolle D., Schedl P., Georgiev P. (2015) Functional role of dimerization and CP190 interacting domains of CTCF protein in Drosophila melanogaster. BMC Biol. 13: 63.
  5. Dolgova A.S., Dolgov S.V., Nazipova N.N., Maksimenko O.G., Georgiev P.G. (2015) Arabidopsis termination elements increase transgene expression in tobacco plants. Plant Cell, Tissue and Organ Culture. 120: 1107-1116.
  6. Golovnin A., Melnikova L., Shapovalov I., Kostyuchenko M., Georgiev P. (2015) EAST Organizes Drosophila Insulator Proteins in the Interchromosomal Nuclear Compartment and Modulates CP190 Binding to Chromatin. PLoS One. 2015 Oct 21;10(10):e0140991.
  7. Erokhin M., Elizar'ev P., Parshikov A., Schedl P., Georgiev P., Chetverina D. (2015) Transcriptional read-through is not sufficient to induce an epigenetic switch in the silencing activity of Polycomb response elements. Proc Natl Acad Sci U S A. 112: 14930-14935.
  8. Abramov Y.A., Shatskikh A.S., Maksimenko O.G., Bonaccorsi S., Gvozdev V.A., Lavrov S.A. (2016) The Differences between Cis- and Trans- Gene Inactivation Caused by Heterochromatin in Drosophila. Genetics. 202: 93-106.
  9. Кырчанова О.В., Георгиев П.Г. (2015) Комплекс bithorax Drosophila melanogaster как модель для изучения механизмов специфичных дистанционных взаимодействий между энхансерами и промоторами. Генетика. 51: 529-538.
  10. Мельникова Л.С., Костюченко М.В., Георгиев П.Г. (2015) Изучение функциональной структуры энхансера гена white у Drosophila melanogaster. Доклады Академии наук. 461: 353-357.
  11. Мельникова Л.С., Кан Т.Г., Костюченко М.В., Георгиев П.Г. (2015) Роль предпромоторной последовательности гена yellow от -70 до -146 п.н. в активации транскрипции на концах терминально делетированных хромосом у Drosophila melanogaster. Доклады Академии наук. 462: 107-110.
  12. Долгова А.С., Тихонов М.В., Пушин А.С., Гасанов Н.Б., Долгов С.В., Георгиев П.Г., Максименко О.Г. (2015) Использование искусственных терминаторов транскрипции для получения трансгенных растений с высоким уровнем экспрессии репортёрного гена. Доклады Академии наук. 464: 490-493.
  13. Четверина Д.А., Елизарьев П.В., Георгиев П.Г., Ерохин М.М. (2015) Терминаторы транскрипции SV40 стабилизируют активность регуляторных элементов Drosophila melanogaster. Доклады Академии наук. 463: 611-614.
  14. Гасанов Н.Б., Тощаков С.В., Георгиев П.Г., Максименко О.Г. (2015) Использование терминаторов транскрипции для создания трансгенных линий клеток яичников китайского хомячка (СНО) со стабильным и высоким уровнем экспрессии репортерного гена. Acta naturae. 7: 82-89.
  15. Максименко О.Г., Гасанов Н.Б., Георгиев П.Г. (2015) Регуляторные элементы в векторах для эффективного получения клеточных линий-продуцентов целевых белков. Acta naturae. 7: 16-29. (обзор)
  16. Бондаренко М.Т., Малюченко Н.В., Валиева М.Е., Герасимова Н.С., Кулаева О.И., Георгиев П.Г., Студитский В.М. (2015) Структура и функции шаперона гистонов FACT. Молекулярная биология. 49: 891-904. (обзор)
  17. Елизарьев П.В., Четверина Д.А., Головнин А.К., Георгиев П.Г., Ерохин М.М. (2015) Исследование роли белка Su(Hw) в регуляции транскрипции у Drosophila melanogaster. Генетика. 51: 1234-1243.
  18. Золотарев Н.А., Кырчанова О.В., Максименко О.Г., Георгиев П.Г. (2015) Рекрутирование инсуляторного белка ZIPIC Drosophila melanogaster на минорные сайты связывания in vivo зависит от других ДНК-связывающих факторов транскрипции. Молекулярная биология. 49: 1016-1021.
  19. Тихонов М.В., Гасанов Н.Б., Георгиев П.Г., Максименко О.Г. (2015) Модельная система в клетках S2 для тестирования функциональной активности инсуляторов дрозофилы. Acta naturae. 7. № 4. (27): 108-117.
  20. Головнин А.К., Костюченко М.В., Георгиев П.Г., Мельникова Л.С. (2016) Продукт локуса mod(mdg4) - Mod(mdg4) 58.8 - напрямую взаимодействует с белками mtACP1A и mtACP1B у Drosophila melanogaster. Доклады Академии наук. 466: 101-104.
  21. Ерохин М.М., Давыдова А.И., Ломаев Д.В., Георгиев П.Г., Четверина Д.А. (2016) Влияние транскрипции на активность энхансеров у Drosophila melanogaster. Генетика. 52: 37-46.

RU   EN

Поиск

на сайте

в Яндекс

Полезные ссылки

ФАНО

РАН

Совет по науке и образованию

Минобрнауки

Российский Фонд Фундаментальных Исследований

Российский Научный Фонд

eLIBRARY.RU

Классическая и молекулярная биология

Наука и технологии России

Постнаука

N+1

Научная Россия

Элементы

Биомолекула

Мой геном

Blastim

Biohab

Телеканал Наука 2.0

Очевидное-невероятное

Фестиваль науки

Трансгенные животные в фарминдустрии

Практическая молекулярная биология

Biocompare

Подписка на новости

Институт биологии гена РАН